瓦努阿图可以说是美拉尼西亚中对西巴布亚独立运动比较亲近的支持者，其他国家如巴布亚新几内亚、斐济则因不同的国际现实利益而较为拥抱印尼。
相较于西巴布亚在加入正式区域组织的不顺利，印尼在2011年取得了美拉尼西亚先锋集团“观察员”的身份，2015年则更进一步得到“准会员”（associate member）的资格。
但在对西巴布亚的治理方面，印尼政府可以说是纪录不良。军方与警方以各种镇压手段对付当地居民、示威人员和所谓“叛军”，相关暴力新闻持续被报道出来。根据独立运动组织自己的报告，已有50万名当地人死于印尼“种族灭绝”的屠*中，此外还有监禁、逮捕、自由限制以及强制迁徙所造成的大批流离失所，这样的状况已受到注。
此外，印尼延续着荷兰殖民政府的内部迁徙政策，将人口从较稠密的地区爪哇，移动到像巴布亚这样相对地广人稀的地方。在西巴布亚省，爪哇人已成为当地的大多数族群。 佐科·维多多总统上台后则是加强西巴布亚基础建设的发展，投入大量资金与人力，但伴随而来的是更强硬的治安维护。
