另一半驻扎在全国各个省份，由各地的镇守将军管理，例如杭州将军、广州将军等等。地方上的总督、巡抚，无权管理八旗军，只能管理绿营军。绿营军是明朝投降部队逐步改编而来，总兵力60多万，负责协助八旗军作战，总兵力几乎是八旗军的3倍。巡抚则是一个省的一把手，负责管理全省的军、政、民、财、吏等各方面事务。
巡抚属于正二品或者从二品文官，一般挂着都察院右都御使或者右副都御史的头衔，被称为抚台大人或者中丞大人。按照朝廷的规定，巡抚负责节制全省的绿营军。拥有朝廷下发的王命旗牌，用于震慑那些桀骜不驯的武将们。至于布政使，则是从二品的文官，负责管理全省的财政、人事等方面的事务，被称为藩台大人，属于全省二号人物。
按察使是正三品文官，负责管理全省的司法、刑狱、治安等方面的工作，被称为臬台大人。总督、巡抚、布政使、按察使属于地方上的高级文官，道台和各个知府则属于中级文官。知府负责管理一个府的全面事务，在自己的管理区，知府拥有绝对的权力。不得不说，巡抚、知府、知县等各级一把手的权力都不小，明显高于二把手和三把手。
清朝的武官体系很有意思，那就是出名的品级高配。提督负责管理一个省的绿营军，属于从一品武官。从品级来说，与总督平级，比巡抚的品级还高。按照朝廷“以文驭武”的原则，提督虽说品级高，但需要接受总督、巡抚的节制。每个省的绿营军，分为了好几个镇，每个镇的主将就是总兵，属于正二品的武官，品级与巡抚对等。
在各种影视剧中，经常出现了清朝武官粗暴干涉地方事务的情况。例如提督直接向各个州府摊派赋税、总兵直接干涉州府的司法刑狱，在清朝历史上，这样的情况根本不可能出现。清朝的武官严禁插手地方事务，如果提督直接向各个州府摊派赋税，负责全省财政的布政使，肯定会强烈不满。布政使虽然管不了提督，但巡抚可以。
至于总兵粗暴干涉地方刑狱，更是不可能的事情。首先，各地知府作为从四品文官，根本不怕总兵。一旦总兵太过分，负责全省刑狱的按察使，肯定会立刻弹劾。作为全省的一把手，巡抚拥有节制武将的权力，地方上的武将根本不敢造次。其实，总兵如果前往巡抚衙门，拜见巡抚的时候，甚至连个座位都没有。
在明清两朝，武将始终不敢插手地方事务。1912年，清朝灭亡以后，我国进入了军阀混战的复杂阶段。在二三十年代，由于军阀们掌握了地方上各方面的权力，才具备了插手地方事务的资本。有的军阀更过分，干脆自己兼任了地方上的一把手。
