通过对儒学的抨击，否定了知识分子长久以来坚持的思想，使之出现了认知偏差，思想开始混乱。康熙时期的九子夺嫡本质上是皇子们的思想开始混乱，由于不重礼法，皇子们纷纷僭越，康熙无可奈何。
除了对儒学明扬实贬，康熙、雍正、乾隆时期的思想控制工程还包括大型文字狱。
文字狱最早起源于北宋时期的“乌台诗案”，主人公是大文豪苏轼。
宋朝之后，文字狱越来越多，终于到清朝达到顶峰。清朝时期，因为一句话掉脑袋的知识分子数不胜数，甚至连乾隆的执笔沈德潜也难逃死后被刨棺戮尸的结局。
在文字狱的恐怖之下，无数的知识分子开始“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”，清朝思想界开始万马齐喑，民众也变得更加愚昧麻木。
由于文字狱的恐怖气氛，在清朝时期，除了《红楼梦》，再也没有一部著名的小说，清朝变得死气沉沉。
不过应该承认，通过这样反动的手段，清朝确实达到了威慑民众，防止其造反的目的。
3、保甲制
为了保持帝国的稳定，实现对几亿汉人的有效控制，清朝统治者下了很大的工夫，其中一项重要的工夫就是基层治理，这就是保甲制度。
保甲制度始于北宋，由王安石变法创立，随后被后继王朝不断继承和发扬，终于在清朝达到顶峰。
1644年清军入关后，开始在直隶、山西、山东等省推行保甲制度，保甲制度开始成为清朝统治汉人区域的主要方式。
1708年，康熙将保甲组织扩大，由保、甲二级变为牌、保、甲三级，组织监控更为严密；
1726年，雍正对保甲制度作了进一步发展，将保甲的实施范围扩大到“熟苗熟僮”、即棚民、寮民、蛋户、甘肃回民，特别是“绅衿之家”也一律编入保甲；
1757年，乾隆再次做出改进，实施范围更大，稽查更严密，规定“甲长三年更代”、“保长一年更代”。至此清代保甲制度基本定型。
