请注意《史记》、《海内十州记》等记载徐福东渡的第一手资料中都没提及徐福到了日本列岛。这些在年代上距离徐福东渡最接近的汉代史籍中都说的是徐福第三次东渡后不知所踪。直到一千多年后的五代后周时期开元寺和尚义楚才首次提到了徐福东渡日本的说法。关于徐福的下落除了日本说之外其实还有琉球群岛说、台湾说、济州岛说、菲律宾说、葬身大海说等诸多不同的说法。
不过徐福最终到达日本的说法比其他几种说法流传更广。这是因为在日本的确发现了一些关于徐福到来的蛛丝马迹：家住山梨县富士吉田市的宫下义孝家中藏有一部《宫下富士古文书》（又名《徐福古问场》）。据宫下义孝声称：《宫下富士古文书》是800年前完成的。原来的文章没有了，现存的为宫下祖先重写的”。该书20余万字全以汉字用毛笔书写在宣纸上。
根据该书的记载：日本第七代孝灵天皇之时徐福渡来到日本列岛，先后抵达筑紫（九州）、南岛（四国）、不二山（富士山）。徐福把7个儿子改为日本姓氏：长子姓福冈，次子姓福岛，三子姓福山，四子姓福田，五子姓福畑，六子姓福海，七子姓福住，然后把他们分别派往7个地方。据说如今姓氏中带有福、羽田、波田、波多、畑、畠等字的人均极有可能与徐福的子孙或与徐福一起东渡的秦人子孙有关。
徐福究竟是否曾到达日本并在日本繁衍子孙后代已是说不清道不明的事了。不过我们可以确定的是在徐福的年代之前日本列岛上就已有人生活居住了。目前日本发现的最古老的人类化石可以追溯到距今3万年前。这也间接证明即使徐福到达了日本，那么他所带来的五百童男女也不会是如今全体日本人的祖先。事实上在中国的古籍中就有一个比徐福东渡更古老的传说——吴太伯东渡说。
