目前史学界关于日本民族的起源问题可谓是众说纷纭莫衷一是：有人认为日本人的祖先来自中国吴越地区，有人认为来自中国华北地区，有人认为来自朝鲜半岛，有人认为来自云南乃至东南亚，有人认为来自北亚的骑马游牧民族......不过最为普遍的说法还是认为：来自云南、中原、吴越、中国东北、朝鲜半岛、马来群岛等地的移民逐渐融合形成了今天日本的主体民族。
即使在日本民族形成以后仍受到来自大陆的中华文明影响。从中国大陆和朝鲜半岛迁徙到日本群岛的渡来人给日本带来了语言文化传统。日本相对比较优待这些人因为日本朝廷比较看重这些文化和知识。公元815年日本朝廷编写了整个日本统治阶层的姓氏：1182个统治阶级姓氏宗族里205个来自中国（包括高句丽姓氏41个），154个来自朝鲜半岛（百济104、新罗9）。
与此同时水稻种植技术也开始在日本日益普及：西元前3世纪以后水稻迅速在日本列岛传播开来。日本是多山地、少平原的国家。在原始社会落后的交通条件下这种地缘环境成为限制各部族交流的天然屏障，整个日本列岛被切割为几乎大小差不多的地缘板块，而每一板块的生产力都差不多，这意味着生活在不同板块上的不同部族所能生产的粮食以及这些粮食供养的士兵都是差不多的，谁也不具备统一日本的实力。
《汉书·地理志》中曾记载：“乐浪海中有倭人，分为百余国，以岁时来献”。《后汉书·东夷列传》中则记载着“建武中元二年（公元57年）倭奴国奉贡朝贺，使人自称大夫，光武赐以印绶”。这条记载说的是日本列岛上一个名为倭奴国的政权曾遣使朝贡东汉王朝，汉光武帝刘秀则将金印绶带赐予其使者。公元238年日本列岛上的邪马台国女王卑弥呼派遣使者难升米朝见魏明帝曹睿。
