关于日本人的由来，一直都有着很多不同的传说，而其中最广为人知的一种说法就是日本人是中国人的后裔，甚至具体到了是“徐福”这个人的后裔。
那么，徐福到底是何方神圣呢？他事秦始皇的手下，我们都知道秦始皇统一六国之后，便做上了长生不老的美梦，于是派遣徐福携带童男童女去访求仙丹，话说徐福带着一干人等渡海来到了日本，因没有找到不死仙丹而不敢回去，从此就在这里生儿育女，而徐福也就成为了所有日本人的祖先。这个传说可谓有鼻子有眼，我们不知道徐福是不是到了日本，也不知道徐福是不是在那里建立起了庞大的家族，但我们清楚徐福绝对不会是日本人的祖先，因为秦始皇寻不死仙丹是2000多年以前的事情，而早在3万年以前，日本岛上就已经有人类的祖先在那里生活了。
谁是日本人的祖先呢？很多人认为日本人的祖先是弥生人，其实不然，日本最早的土著居民应该是绳文人，那么绳文人又是从何而来的呢？
在很早很早以前，东南亚地区存在着一种古老的居民，现在我们称之为矮黑人，曾几何时，矮黑人在南亚以及东南亚地区的分布是十分广泛的，然而现在除了能够在马来半岛以及菲律宾的偏僻山区中，我们几乎已经见不到这一人种了。不过现代科学家通过基因测序发现，现代日本人的基因之中有高达40%的部分属于矮黑人，而这一研究成果在日本基因人类学论坛上得到了广泛的认可。那么生活在南亚以及东南亚地区的矮黑人是如何来到日本岛的呢？对于这些人类的祖先而言，渡海肯定是办不到的。
科学家认为，生活在南亚地区的矮黑人是走路去的日本岛，因为彼时的日本岛并不是一座孤立的岛屿，它与现在的朝鲜半岛相连接，而矮黑人就是通过这条路线进入日本，并在此繁衍生息的。
这些率先进入日本的矮黑人就是后来的绳文人，从外貌特征来看，绳文人的五官相貌是相对较为突出的，与现代日本人相貌差距较大，这是为什么呢？这还要从旧石器时代说起，当时，一些生活在中国大陆的原始部落通过朝鲜半岛进入日本，从此日本便从“绳纹时代”跨入了“弥生时代”，而这些从中国大陆迁居日本的人就是最纯正的弥生人。相比从很早就生活在日本的绳文人而言，这些从中国迁徙过去的原始部落更为先进，所以他们很快便取代了绳文人在日本岛上的地位，最终绳纹文化以及绳文人存在过的所有痕迹都被抹除了。
虽然弥生文化取代了绳纹文化，但弥生人却和绳文人实现了融合，于是后来弥生人也就有了绳文人的基因，也就是矮黑人的基因。
从这个角度来说，现代人本人应该是中国原始部落和矮黑人的后裔，这并不是单纯的推测，中科院上海生命科学研究院通过高深度全基因测序数据和表型系统性分析，确定了日本人和中国北方汉族人在基因上的重叠，以此证明了上述推测。
无独有偶，日本国立科学博物馆也进行了母系DNA分析，结果同样证实了弥生人是东亚大陆的远古移民。所以要是追根溯源，现代日本人的由来的确和中国人有关，但与秦始皇和他派去寻找仙丹的徐福并没有任何关系。日本人是中国原始部落和矮黑人的融合，那么中国人的基因是否也与矮黑人有关呢？
研究发现，中国汉族人的父系基因90%左右都是O-M175，以此可以证实汉族和矮黑人并无关系，汉族人应该是古老中原部落的后裔。
一直以来，关于日本人的起源都存在着诸多的传闻，而随着现代科学的进步与发展，通过基因测序可以准确揭开日本人起源的迷雾，不过也并非所有的事情都可以借助于科学的手段得以解决，就比如我们可以通过基因测序了解到现代日本人融合了中国原始部落和矮黑人的基因，但我们却无法得知后来的弥生人是如何取代先到的绳文人的，是自然而然的融合和渗透？还是绳文人在争斗中败北，随后被消灭，这一切我们都不得而知，而且可能永远都无法得知，在没有记录的时代，一切事情发生了，就过去了。其实不仅是久远的旧事，就是每天发生在我们身边的事，又有几件，我们真能弄清楚它的始末与善恶呢。
