那么达尔文的《物种起源》为什么就不能蒙混过关呢？因为整本书中描绘的是真实的动物、植物世界，以及它们演化的规律，这是要和宗教争夺世界的解释权。
当时这本书出版的时候，就遭到大规模的抵制，可是达尔文知道会造成这种影响还要在自己49岁的时候，就决定出版这部著作呢？原因是英国有一位博物学家华莱士，他比达尔文小14岁，他在给达尔文的信中，详细介绍了他在南美、东南亚考察之后的发现，得出的结论，几乎和自己一样。如果自己辛辛苦苦积累的这么多素材，完善理论，最后被这位年轻人追上来，太可惜了。于是达尔文匆忙在13个月时间里把《物种起源》写了出来。
当出版商听说达尔文要出书了，于是找到他，但是看到达尔文1300多页草稿的时候，觉得有些不合适，因为当时出版业有一条不成文的规则，四五百页的书，卖的最好，利润最高，于是达尔文不得不把自己的书稿删减了2/3以上。
达尔文把书中和宗教冲突的内容，以及和当时人们价值观相冲突的内容进行删减，这些内容大都是对生物起源的分析，因为上帝说他在7天内完成了造万物的事情，而在书稿中，却用大量的篇幅描述，我们是如何由鱼进化为爬行动物的。
而且当时大部分都不能接受，自己是由猩猩进化而来，祖先居然是野兽。所以很多类似于这样的内容，当时都没有写在这本书中。也是因为删减的太多，很多人针对从鱼进化为爬行动物，从猿进化到人等内容，认为达尔文的书漏洞百出。
1895年11月24日，《物种起源》第一版上市，售价是0.75英镑，当时一共印刷了1千多册，不到2周全部售罄。新书发表之后，与达尔文预想的一样，遭到了各界的抨击，甚至影响到英国女王要授予他勋爵的事情。英国维多利亚女王要授予达尔文勋爵，可是因为教会的压力，最后不得不作罢。
幸好当时英国已经进行宗教改革，英国政府推行法制和信仰自由，因此达尔文才没有被推上火刑架。可是随后的大辩论把《物种起源》推向风口浪尖，牛津地区的大主教威尔伯福斯和支持达尔文的赫胥黎，整整辩论了几天，围观人群更是达到上千人，中间有老师、学生以及宗教人士等。这场辩论最后转移到报纸上，人们在报纸上继续展开针锋相对的辩论，同时也把进化论第一次带入大众视野。
牛津大辩论
其实达尔文最担心的并不是这些宗教人士，而是他的妻子，他妻子艾玛是一位非常虔诚的基督教徒，虽然婚前她就知道达尔文是一位无神论者，但是她相信依靠自己的虔诚，就一定能够感化丈夫。
达尔文年轻时是一位运动健将，为何之后一直是病怏怏的模样呢？当时医疗手段有限，没有诊断出他所患的病症，其实他感染了一种锥虫病，也许是他去南美环游的时候感染上的，这种病经常让他发低烧，而且有剧烈的头痛、恶心、呕吐等症状。艾玛从达尔文31岁时候，就一直照顾达尔文，一直伺候了41年，直到达尔文去世。
