到二十世纪九十年代，波音的军事项目包括：生产B-2 隐形轰炸机，升级波音制造的军用飞机，如 B-52和KC-135。
参与开发的项目包括：遥控式暗星和联合攻击战斗机（一种多用途飞机）。航天集团的工人们在制造惯性末级 (IUS) 助推器，它可将卫星送入高地轨道；还建造海上发射来发射商业卫星。另外，由于波音已经成为了第一个国际空间站的主承包商，还在进行有关植物和人员在轨道上生存的研究。
1996年12月，波音公司与洛克韦尔国际公司的宇航与防御部门合并，将两家公司联合起来。洛克韦尔的宇航系统、飞机分部、火箭动力系统、自动控制系统、导弹系统和飞机改装系统被更名为波音北美公司，成为波音的一个子公司。
1997年，波音公司兼并了世界第二大飞机制造商麦道公司。2000年，又收购了休斯航天和通讯业务分部。
进入21世纪，波音公司的用户遍布145个国家，业务部门分布于美国和全球60多个国家，共有雇员约20万名，成为全球著名的跨国公司。2011年，波音公司生产的波音787正式交付使用，目前正在研发波音797。
据统计，全球现役的波音民用飞机接近13000架，约占全球机队总量的75%。
2020年开始，新型冠状病毒疫情在美国境内大爆发，波音公司受到全面冲击，当年公司在华盛顿州的波音KC-46加油机以及P-8A反潜巡逻机的生产基地，两条生产线被迫全部关停。
作为拥有106年历史的航空巨无霸，波音目前正处于风雨飘摇的状态。疫情发生后，波音每个月都做到了“负订单值”，即取消的飞机订单数量要远大于给他们下达的订单数量。
波音公司联合美国其他航空巨头一起，或直接或间接养活了整整17000万家供应商，涉及的员工总人数高达250万人，一直以来波音都被视作“一等人的亲儿子”，但是在现实面前他们不得不承认惨状。
美国航空咨询专家汉密尔顿在接受媒体采访时表示：波音未来最大的任务是活下去。公司内部承认，在空运行业崩塌，航空公司不需要新飞机，各种承包商都面临生存挑战的情况下，波音已经陷入了彻头彻尾的困境。
2020年至2021年，波音公司削减了16000个岗位，砍掉两条生产波音787客机的生产线，并且把工程中心搬到人力成本较低的州，他们这一系列举动的目的只有一个，那就是不惜一切代价省钱。
值得一提的是，在过去10多年之内波音公司都没有拿出什么像样的新产品，这在其历史上都是相当罕见的。外界推测，目前波音公司距离*仅一步之遥。
从波音公司濒临*的现状，读者也可以窥探其背后紧密相连的美国国运。或许，真如很多公知预言的那样，这个称雄世界一个多世纪的国家，已经走到了发展的尽头。
<六> 灾难占据世界民用航空飞机生产七成以上的波音公司，其旗下产品也多次发生“事故”，演变成“空难”。
根据波音公司在《Statistical Summary of Commercial Jet Airplane Accidents Worldwide Operations 1959–2013》公布的全球商用喷气式飞机飞行事故统计，1959至2013年的50多年间，波音737-100/200型飞机共发生108起飞行事故，其中机毁人亡52起，飞行事故百万架次率1.75；波音737-300/400/500型飞机共发生37起飞行事故，其中机毁人亡20起，飞行事故百万架次率0.52；波音737-600/700/800/900型飞机共发生14起飞行事故，其中机毁人亡6起，飞行事故百万架次率0.26。
2013年7月6日，韩国韩亚航空公司的波音777－200客机在美国旧金山机场降落时坠毁，造成3名中国人死亡。
2013年11月18日，俄罗斯鞑靼斯坦航空公司一架从莫斯科飞往喀山的波音737-500型客机在机场着陆时爆炸，机上50人全部罹难。其中包括44名乘客和6名机组成员。
2014年3月8日，一架从吉隆坡国际机场飞往北京首都国际机场的MH370航班机型可能因为燃油耗尽在印度洋上方低速盘旋后最终坠入海面机上所有239名乘客和机组人员已遇难。此次班机的机型是波音777-200。
2016年3月18日晚至19日，一架从迪拜起飞的波音客机737-800在俄罗斯坠毁。据称机上共有62人丧生。
2018年10月，印尼狮航的一架波音737 MAX坠毁，造成189名乘客和机组人员死亡。
2019年3月，埃塞俄比亚航空公司同一机型的飞机坠毁，造成机上157人死亡。
