3、装箱：把泡好的豆种平均盛到几个一般大的箱子内，刚开始尽量少放。
4、入库：把箱子放在机器内，上下排放整齐。
5、孵化：观察豆芽生长的过程．机器内部自动淋水，淋水时间一般每隔5 小时左右淋水1 次，夏天由于气温高，白天最少间隔4 小时淋水1 次；冬季气温低，晚上每隔6～7 小时淋水1 次，淋水工作不论是白天还是晚上，都要照常进行，豆芽在不同生长阶段，需水量是不同的，开始发芽时，需水量较少，以后逐渐增加，成熟1～2 天需水量最多，应适时的增加水量。淋水水质必须清洁，一般采用井水、自来水。
6、温控：豆芽必须在一定的温度条件下才能生长，豆芽属于喜温耐热的蔬菜种子。豆种发芽的最低温度为10 ℃，最高温度为28 ℃～30 ℃ ，不要超过32℃ 。如果温度过低，豆芽生产缓慢，周期长、产量低；若温度过高，豆芽生产快、胚轴细长、纤维多、品质差；因此，豆芽生产机器要求冬暖夏凉，箱体温度保持20 ℃～25 ℃ 为宜；水温20 ℃～25 ℃ 左右。在进行豆芽生产时，要注意掌握外界和内部温度的影响，豆芽生产过程中可以用几个温度计来观测豆芽生产周期的温度变化。
