1.大气污染，危害人体健康。
焚烧秸秆时，大气中二氧化硫、二氧化氮、可吸入颗粒物3项污染指数达到高峰值，当可吸入颗粒物浓度达到一定程度时，对人的眼睛、鼻子和咽喉含有黏膜的部分刺激较大，轻则造成咳嗽、胸闷、流泪，严重时可能导致支气管炎发生。秸秆焚烧区域、时段均相对集中，大量烟雾对中老年人和儿童及患有呼吸道疾病的人造成很大影响。
2.引发火灾。
秸秆焚烧，极易引燃周围的易燃物，导致“火烧连营”，一旦引发大火，往往很难控制，造成经济损失。尤其是在村庄附近，一旦引发火灾，后果将不堪设想。
3.破坏土壤结构，造成农田质量下降。
农作物秸秆中不仅含有大量纤维素、木质素，还含有一定数量粗蛋白、粗脂肪、磷、钾等营养成分和许多微量元素。焚烧秸秆使地面温度急剧升高，使地表中的有益微生物被烧死，腐殖质、有机质被矿化，加重了土壤板结，破坏了地力，加剧了干旱，直接影响农田作物的产量和质量，影响农业收益。
焚烧秸秆的违法后果
1.依据《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十九条规定，对露天焚烧秸秆、落叶等产生烟尘污染的物质的，处五百元以上二千元以下的罚款。造成严重后果的，将依法依纪追究责任。
