虽然果敢此后与政府军没有什么大冲突，但是内部也是内讧不断。
1992 年，果敢同盟军发生第一次内讧，杨茂良兄弟打败彭家声，彭家声率残部投奔主政缅甸掸邦第四特别行政区的女婿林明贤。杨茂良成为果敢同盟军的司令，杨茂安为副司令。
1995 年 ，果敢同盟军出现第二次内讧，驻扎在勐固的果敢同盟军 128 师副师长李尼门发动兵变，举兵反杨，彭家声则趁机夺回果敢，杨茂良见势不妙，向缅甸政府军求救，
缅军也趁机进入果敢，之后一直牢牢控制着从清水河、老街至慕泰193 公里地段上所有的制高点。而杨茂良向缅甸政府求救时，缅甸政府提出的条件是交出军队的指挥权，以及武器库，这引起了他部下的不满，其部下白所成、王国政魏超仁、蒋忠明的又重新投靠彭家声。
截止 2009年果敢事件爆发前，果敢同盟军编制为 4 个步兵营、1 个炮营和 1 个警卫连，总人数3000 余人，其中作战部队1800 余人。
对于这支武装力量，缅甸政府一直是欲除之而后快。2009 年8月8日，缅甸政府军借口搜查毒品，派出 30 名警察突然包围老街杨龙寨的果敢特区军械修理厂并准备搜查，遭拒绝后政府军与果敢同盟军形成对峙。
对峙期间，果敢同盟军发生成立以来的第三次内讧，果敢同盟军副司令白所成和魏超仁、刘国玺等率部哗变，成立果敢特区临时管理委员会，白所成自任主席，彭家声及其家族成员都被排除在领导成员名单之外。随后，白所成率部协同缅甸政府军在果敢老象塘向彭家声部发起攻击。缅甸政府军甚至动用大炮等重武器对杨龙寨等地猛烈进攻，彭家声余部在弹尽粮绝的情况下越过边界进入中国镇康县境内，并交出武器，政府军随即彻底控制了整个果敢地区。而彭家声本人也在兵败后不知所踪。
值得一提的是，在这次冲突中，约有1.3万果敢人逃入中国境内，中国政府在解除他们的武装后，都对这些人进行了妥善的安置。
这次事件后，彭家声便销声匿迹。2014 年 12 月中旬，隐居多年的彭家声公开声称，他领导的果敢同盟军已经复出，并伏击了缅甸政府军。2015 年2月9日，彭家声部实施"光复果敢"行动，并派311旅 4 个营近 600 人潜入果敢，对果敢慕泰、贡章、老街、道水等地发起攻击。缅政府军投入一个师 2000 人清剿彭部，"2.09 事件"全面爆发。随着战的推移，彭家声部逐步又投入 211 旅、411旅，兵力一度达到 3 000 余人。缅甸政府军则先后调集 6 个作战师、3 个作战指挥部，约 1.2 万人，对彭部实施清剿。
此次果敢冲突持续了4个多月，造成缅甸边民6 万人为避险、避战涌入中国，引发了诸如社会治安、非法移民、毒品走私、跨境赌博等等社会性问题。
2017年3月6日，果敢同盟军对缅甸果敢的军营、警察局和相关目标发动攻击的同时，还对中缅边界 125 界桩和 127 界桩之间缅军军营发起攻击，双方发生激烈交火，果敢冲突风云再起。据不完全统计，"3.06 事件"造成5 名警察、5 名平民在内的大约 30 人死亡。
2018年年末，果敢、德昂、若开三支武装在中国昆明发表和平声明，而随后缅甸国防部也发表了单方面全境停火声明，这似乎让人看到了和平的希望，不过和平之路依然曲折而漫长。
从1948年缅甸独立到现在，缅甸政府和果敢一直处于打打停停的状态，为什么果敢这么一小块弹丸之地，缅甸政府都一直没有彻底收复呢？原因有以下几个。
一果敢地区主体是汉族，对缅甸没有国家认同感
果敢地区以汉族为主体民族，绝大多数人操汉语云南方言，在 1983 年被缅甸政府正式定名为果敢族，为缅甸 135 个民族之一。果敢族主要由 6 次大的人口流动所形成：一是古代"南方丝绸之路"上商人马帮的后裔；二是追随南明永历帝朱由榔逃亡并流落其地的官兵后裔；三是明末清初由应天府先迁居大理，再迁居果敢的上元县柳树湾大石板人杨高学的后裔；四是二战时期流落当地的国民党远征军、解放战争时期溃败逃亡缅北的国民党将士及其后人；五是缅甸共产党统治前期到果敢参加缅甸共产党的中国知青及相关人员；六是改革开放以后由于经商、打工和逃避犯罪打击等各种因素定居果敢的中国移民。不难看出，虽然果敢族人具有共同的文化传统和习俗，但其构成和来源比较复杂，对中国有文化认同但无政治法律身份。同时，他们没有形成对果敢族的民族认同，多数果敢人因为没有取得缅甸的公民身证，对缅甸既无国家法律身份也无文化认同。
而缅甸的民族政策也起到了火上浇油的作用，缅甸一直实行大缅族主义，对缅甸境内的其他少数民族一直很不友好，一直试图武力征服，而不是和平相处，这也是缅甸境内这么多民族武装存在的原因。
