1635年，高迎祥、李自成、张献忠三股农民军势力攻陷安徽凤阳，刨了明朝皇帝的祖坟。这个消息对朱由检来说犹如晴天霹雳，他痛哭流涕，号叫着愧对祖宗的话，下了一条痛陈过失的《罪己诏》，希望能够收回失去的民心。本能成为中兴之主，却因为运气和时机的关系，让朱由检沦为了亡国之君。明眼人都知道明朝的江山不是朱由检弄丢的，而是明朝中后期皇帝的不作为，让积攒多年的民怨在数百年后爆发。
1636年，后金可汗皇太极称帝，宣布建立清帝国，就像一把锋利的匕首插入大明的京师心脏。第二年，附属国朝鲜宣布投降满清，这意味着朝鲜不再承认明朝是正统的存在，天下的政权秩序正在发生悄然的变化，明帝国的权威一次次受到挑衅。
1642年，明朝抗清名将祖大寿和洪承畴先后投降满清，两个边防标志性的人物作出震惊世人的政治抉择，表明了明朝的必然衰落。朱由检为了挽回民心涣散的大明，做出了许多努力，比如最开始的清除魏忠贤。
即位不到两个月的朱由检和位高权重的魏忠贤进行了一场生死攸关的对决，年轻的朱由检意气风发、志得意满，迫使魏忠贤畏罪自*。朱由检在处理魏忠贤事情上展示的老练精明，让朝臣看到了复兴的希望，可是朱由检有一个致命缺陷。对大臣的多疑和对决策的自信，这是朱由检最为致命的性格缺陷，以至于让他不容分说地赐死了抗清名将袁崇焕。
朱由检对袁崇焕最开始是充满期待和希望的，他渴望拥有一个霍去病那样的名将，能够清除侵扰不断的外患。
袁崇焕十分清楚明朝的财政腐败问题严重，他在朱由检面前表示的“平辽五年可成”只是为了安慰一下焦躁的朱由检。强悍勇猛的清军，能够防御已着实不易，又怎么能轻易灭掉呢？
宁远兵变后，袁崇焕一边逮捕主谋平息这场祸乱，一边上奏请求弥补拖欠的军饷，可是国库紧张的朱由检却无法完成宁远士兵的愿望。
