出于维护中国良好的国际形象和改革开放的顺利进程以及维护中美两国关系等方面的考虑，中央决定对此事要严肃对待，挑选有关方面专家和外交强将组成中方调查组。全权处理此事。经过多方考虑，中国外交部国际司决定让司长留在家中在后援准备，由副司长沙祖康挂帅任中方调查组组长，前往处理此事。
沙祖康性格直爽豪迈、仗义执言、激昂直率，有着十分鲜明的个性；他锋芒毕露、能说会道，一张嘴便可以抵过敌人的千军万马，因此被称为“沙铁嘴”、“沙将军”、“硬骨头”等。前任联合国秘书长潘基文对沙祖康赞许有加，曾对他说“千万别改，联合国需要这样的风格“。因此，他和李肇星、唐家璇被称作中国”外交三宝“。临行之际，外交部很多人都来给他送行，颇有一种” 风萧萧兮易水寒，壮士去兮不复返“的感觉，更是显现出了事件的严肃性和重要性。
与此同时，美国的卑鄙行径也一直在进行着。从8月1日开始，美国政府便派遣直升机和军舰一直紧随着“银河号“进行消极监视；8月3日，美国方面要求”银河号“停船检查，并且强行关闭了船上的GPS导航，使得”银河号“在大海上失去了方向。为了保障”银河号“得安全，上级要求”银河号“暂时停止航行，于是“银河号”货轮抛锚在距霍尔木兹海峡十几海里的公海上。8月4日，外交部做出回应，告诉美国人船上无有害化学物品，故意挑衅的美国人自然不相信，要求自己亲自上船检查。登船事小，但是背后的政治意义却非同凡响，是对中国主权的一种侮辱。8月26日，中国、美国以及沙特举行会谈，经过数小时的谈判，三方达成协议：由中国、沙特两国组成专家组共同登船检查，美国可以派出专家以顾问的方式协助沙特方面检查。8月29日，开始登船检查。美方检查组人员身上穿上了防护，脸上带上了防毒面具，在集装箱打开前匍匐前进，俨然一副跳梁小丑的样子。
在检查了49个从中国运出的集装箱后，并没有发现违规物品；美国方面贼心不死要求检查全部集装箱。直到9月4日，全部集装箱被检查完毕，检查结果为无“硫二甘醇”和“亚硫酰氯”等化学品。中、沙、美三方代表在检查全部货物的检查报告上签了字。
事后沙祖康在接受央视《面对面》节目组采访时表示，同意上船检查当然是中央的决策，在当时的情况下别无选择拒绝，窝囊，我们就要背黑锅；让他们去查，某种程度上我们受到了侮辱，也窝囊。但是两个窝囊中选择了第二个。等这个事情的真相查明了，没有（违禁化学品）。那窝囊就是他们的。
在这一个多月的时间里，船上的船员也受到了极大的煎熬：食物、淡水、高温都是很大的问题，无疑，他们也是英雄。“银河号“事件后，中国政府痛定思痛，不断加强海洋巡防能力，如今“中国海军将为您护航”已经称为每个航海人最为放心的一句话了。同时，在此次事件中，GPS被强行关闭，成为中国自主研制导航系统的开始。
1994年，在制定“九五”规划时，有关部门便向国务院汇报了北斗卫星的立项计划。在孙家栋院士的带领下，经过多年研制，在2000年，两颗北斗导航试验卫星发射成功，北斗一号系统成功建成并且投入到使用当中，使我国领先于欧洲，成为继美国和俄罗斯之后，世界上第三个建成卫星导航系统并投入使用的国家。紧接着，在2004年，北斗二号系统正式立项，并于2011年开始了试运行服务；在2012年底，完成了14颗卫星发射组网，并为亚太地区用户提供服务2009年，北斗三号系统建设启动，在2020年6月，北斗第55颗卫星发射组网，全面建成北斗三号系统，可以为全球用户提供服务，并不输GPS系统。2020年7月31日，北斗三号全球卫星导航系统正式开通，这标志着北斗事业进入到全球服务新时代。
