后来神圣罗马帝国皇帝成为象征，国内诸侯割据。而捷克和普法尔茨联军在白山战役中失败，捷克开始长期由奥地利哈布斯堡王朝统治。1526年，匈牙利国王绝嗣。匈牙利国王的位子有他的姐夫奥地利大公继承，就这样斯洛伐克归归奥地利君主管辖。就这样捷克和斯洛伐克都归奥地利管辖了，他们再次归属同一个国家。两国分裂了600多年就这样再次被统一了。
后来奥地利变成奥匈帝国，捷克和斯洛伐克依然在这奥匈帝国内。不过此时捷克和斯洛伐克发展开始有差异。捷克由于到处都是山，所以重工业非常发达，奥匈帝国大部分重工业都在捷克境内。而斯洛伐克都是平原，农业发达，两国的发展道路完全不同。一战的时候奥匈帝国解体，捷克和斯洛伐克按理说都可以自由选择自己的道路，不过由于外部敌人太多，他们最终选择在一起。就这样，一战后捷克和斯洛伐克共同组成一个国家，就是捷克斯洛伐克。
我们先看一下捷克和斯洛伐克当时面临的敌人，这也是他们后来分裂的重要原因。捷克在神圣罗马帝国内有大量的日耳曼人移到捷克，当时的捷克差不多有300多万日耳曼人。这些人和德国是同根同种，他们更倾向于德国。而捷克需要时刻提防着德国，德国是捷克最大的敌人。斯洛伐克由于长时间和匈牙利在一起，国内也有人想要加入匈牙利，匈牙利在这个国家影响非常大。所以这两国外部的敌人都比较麻烦。除了这些，一战之后的欧洲局势并不稳定。捷克和斯洛伐克旁边的德国、意大利、波兰、苏联等都是大国。他们只能抱团在一起才能更好地保护自己。
二战之前，德国果然借口在捷克境内的日耳曼人吞并了苏台德地区，之后吞并了整个捷克斯洛伐克。二战后，在苏联的支持下，捷克斯洛伐克复国。就这样，捷克斯洛伐克开始跟苏联混了。在苏联的影响和支持下，捷克和斯洛伐克差距越来越小，两个地区发展没什么差距。按理说他们可以更好的生活在一起，毕竟已经没有外敌了，不过也正是由于这个原因，他们开始考虑本身的问题了。
捷克和斯洛伐克之前虽然从一战后再次在一起，而且发展差不多，但由于分裂了几百年时间，还是有隔阂的。苏联解体前，他们之间的隔阂越来越大。东欧剧变前，捷克和斯洛伐克选的*不同，他们之间的观念差异越来越大。就这样，他们决定分家。1992年捷克斯洛伐克通过全民公投决定分裂，1993年1月1日斯洛伐克宣布脱离捷克和斯洛伐克联邦共和国，成为一个独立的国家，史称“天鹅绒分离”。1990年3月，改国名为捷克斯洛伐克联邦共和国。就这样两国正式分离。
