▲被征服的匈牙利
两军在匈牙利小城摩哈赤遭遇，匈军大溃，匈牙利国王拉约什二世在战斗中阵亡。匈牙利大片领土被奥斯曼人征服。王国仅剩西部与奥地利（神圣罗马帝国邦国）接壤的地区、北部的斯洛伐克人聚居区未被占领。匈牙利首都被迫迁到了斯洛伐克人聚居的普雷斯堡（今斯洛伐克首都布拉迪斯拉发）。
拉约什二世的姐姐嫁给了奥地利大公斐迪南一世（出身哈布斯堡家族），凭借姻亲关系斐迪南一世继承了匈牙利王位。同一年斐迪南一世还获得了波西米亚的王位，奥地利、匈牙利、捷克、斯洛伐克被纳入哈布斯堡家族治下。
▲斐迪南一世夫妇
15世纪，天主教会的剥削在中欧等地引发了反抗，捷克人打响了宗教改革的第一枪。此后在捷克土地上爆发了多场裹着宗教外衣的战争，捷克人民深受其害，宗教热情逐步消退。而斯洛伐克人视自己为纯正的天主教徒，两族在宗教上逐渐疏离。
1620年，哈布斯堡君主将波西米亚降为行省。此后300年间，德意志人不断向捷克移民，德意志文化始终在捷克保持强势地位。
斯洛伐克也处在哈布斯堡王朝统治之下，但命运更为悲惨。17世纪末奥斯曼帝国的扩张势头被遏制，匈牙利在收复失地的过程中实力进一步增强，成为哈布斯堡领地上仅次于奥地利人（德意志人）的“第二民族”。斯洛伐克仍被匈牙利贵族掌控，农奴—庄园经济大大限制了斯洛伐克的发展。
▲强大的哈布斯堡家族
1866年，奥地利帝国被普鲁士击败，失去了德意志的主导权。民族情绪不断上涨的匈牙利人发起反抗，试图脱离哈布斯堡王朝的统治。奥地利的国策被迫转向，从此前的争夺德意志霸权转向争雄巴尔干，并试图建立起一个多民族大帝国。
由于奥地利（日耳曼）人仅占总人口的24%，为了扩大统治基础并消弭匈牙利人（第二大民族，占总人口20%）的反抗意识。1867年，哈布斯堡君主与匈牙利贵族达成《奥匈折中方案》。匈牙利王国获得与奥地利帝国平等的政治地位，两国君主均由哈布斯堡君主担任，组成二元制君主国——奥匈帝国。
奥匈帝国对外是一个政治实体，对内却有两套政治制度。哈布斯堡君主在奥地利境内实行“开明君主制”，治下的捷克获得了宽松的发展环境，资本主义经济飞速发展。斯洛伐克归属匈牙利统治，农业经济依然是主导。
▲奥匈帝国民族分布
到20世纪初，捷克凭借占帝国13%的人口，贡献了奥匈帝国70%以上的工业产能。帝国60%的钢铁、75%的化工产品、92%的糖都来自捷克。
新兴的机器制造业更是一枝独秀，捷克地区生产的电气设备输往全欧洲。除了奥地利和匈牙利的首都外，捷克地区的布拉格与布尔诺分别是帝国的第3和第4大城市。
