但是当听了《水浒传》故事后，百姓们在潜移默化之中，便学会了兵法。一旦进行造反，这些不识字的乡野村夫就能利用谋略，让官军大吃苦头。
对此，清代文人刘銮在其著作《五石瓠》 “水浒小说之为祸” 条载：
“张献忠之狡也， 日使人说 《三国》、 《水浒》 诸书， 凡埋伏攻袭咸效之。”
在他看来，张献忠之所以能纵横天下，就是因为他在行军打仗之时，经常找来艺人给他说《三国》与《水浒》。
但在明末农民战争中，张献忠绝不是唯一一个喜欢《水浒传》的领袖。许多义军首领袭用了 《水浒传》的人名或浑号。如明崇祯六年 ( 1633) 《兵部题为恭报诛剿渠魁等事》中奏日 :
“认出有名贼头… … 张汝金混名燕青，许得住混名雷横，王中孝混名宋江。”
而在作战中，农民军更是能将《水浒传》中的计策融会贯通。在一次作战中，农民军趁着天降大雪，突袭明军大营，俘获了明军主帅。对此，明军主帅曾问农民军：“你们不识字，不通兵法，何以知道利用此天时？”农民军将领回答：
“吾等不知兵法，只知宋公明雪夜赚索超耳！”
出于对《水浒传》的仇视，从明朝开始，朝廷便开始大力禁止《水浒传》流行。崇祯十五年（1642 年 )四月十七 日，山东爆发李青山起义，而李青山义军在《水浒传》的影响下，占据了梁山地区。李青山被镇压后，崇祯立即下令：
“凡坊间家藏 《水浒传》者并原版，速令烧毁，不许隐匿。 ”
同时还命人丈量梁山，将此地收归国有，免得再有人效仿宋江在梁山发动起义。
