南都讯 记者张艳丽 赵炎雄 12月14日14时30分，南都记者留意到，12306网站更新了12月15日开通的穗深城际铁路票价，由广州东到深圳机场，二等座票价为81元，超过了目前广深线、广深港高铁的两地间的票价。
其中深圳区域内，沙井西、福海西前往深圳机场的二等座票价为9元和7元。深圳区域内的4个车站，每站之间的二等座票价均为7元。相比之下，穗深城际铁路的票价比深圳地铁11号线商务座票价略低。
由于穗深城际采用CRH6型动车组，这款列车专为短途城际铁路设计，因此列车没有设置一等座。
列车时刻方面，每天深圳机场前往广州东首趟列车为7:45，末班车为20:36，由广州东开往深圳机场的首趟列车为7:16，末班车为20:05。
两地开行的列车中，每天的大站快车只有3对，运行时间为71-77分钟，停靠新塘南、东莞西、虎门北、深圳机场等站。其中新塘南站可以与广州地铁换乘，东莞西站可以与已经运行的莞惠城际铁路换乘，虎门北站可以与广深港高铁的虎门站、东莞地铁换乘，深圳机场站可以与深圳地铁换乘。
除大站快车外，其余基本为“站站停”的城际列车，每个站运行时间约为5分钟，从广州东抵达深圳机场接近2个小时。
