东汉后期，社会矛盾尖锐，《太平经》的思想能够得到普通百姓的接受。东汉末年，终于出现了有组织的教会，主要是五斗米教和太平教。汉顺帝时期，沛国人张陵在西蜀创立了五斗米教，以《道德经》为经典，这是道教创立的开端。太平教是巨鹿人张角创立的，以《太平经》为经典。东汉末年，瘟疫横行，而方术士本为巫医，具有较高的医学水平，因此能够为百姓治病，于是他们宣传的思想也很快地被普通百姓接受了。
在汉灵帝时期，太平教的教徒已经达到了数十万，分布在天下各州。184年，张角以“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”为口号发动了“黄巾起义”，该起义最终失败了，但是却使得汉朝名存实亡。黄巾起义后，“五斗米道”的教主张鲁占据汉中，建立了一个政教合一的政权。张鲁采取“无为而治”“休养生息”的政策，使得汉中经济有所恢复。215年，张鲁降曹，五斗米教也迅速向北方传播开去。在西晋统一后，五斗米教进一步传播到了全国。
二，魏晋南北朝时期道教的发展张鲁政权瓦解后，道教的内部也出现了分化。一部分道教徒仍采用首过、符水治病等方式来传播道教，这部分被称为“符水派”；另一派则用长生不老、炼丹术、房中术进行了传播，被称为“金丹派”。“符水派”的传播对象主要是下层百姓，而“金丹派”的传播对象主要是帝王将相等统治阶层。无论是哪个派别，他们采取的方式都十分落后，总体上还处于原始宗教，也就是巫术的阶段。
到了西晋时期，葛洪对道教进行了一定的改造，使得道教开始脱离原始宗教的状态，其代表作为《抱朴子》。葛洪源自于金丹派，他对符水派的“符水治病”进行了抨击。他为统治阶层辩护，并且继续宣传长生不老药。他还亲自参与镇压农民起义，可见葛洪是为统治阶层说话的道教人物。
葛洪对道教的贡献在于：吸收一些道教和玄学的理论来改造道教，将“道”“无”“玄”等引入道教理论；吸收儒学的仁政等观念，并将神仙方术与儒家的纲常名教相结合，开始形成了道教的神仙体系。
南北朝时期，陶弘景、寇谦之等人继续发展道教。陶弘景是丹阳秣陵人，曾隐居句容修道，创立了茅山宗。他曾遍历名山，著《真诰》和《真灵位业图》两书，成为了道教的重要经典。《真灵位业图》编订了道教的神仙谱系，并且以儒学的纲常伦理排列了七个等级，这标志着道教的神仙体系正式形成。陶弘景还吸收佛教的理论来完善道教，并开启了佛道融合发展的先河。
寇谦之为北魏人，他“少修张鲁之术”，后来写下了《云中音通新科之诫》、《箓图真经》等典籍。寇谦之对道教的贡献主要表现在教会戒律方面。南北朝时期，佛教大规模流行，佛教的清规戒律对中原人的冲击很大。寇谦之于是学习佛教的教规来制定道教的教规，他说要“清整道教，除去三张伪法，租米钱税，及男女合气之术”,“专以礼度为首，而加之以服食闭练”。这就让道教逐渐脱离了巫术，从原始走向了成熟。
不过道教在南北朝的发展却是比较曲折的。在南朝方面，道教的兴盛远不如佛教，在北朝也是如此。由于寇谦之的改造，道教在北魏时期开始得到统治者接受，北魏宰相崔浩尊寇谦之为师，而拓跋焘也崇敬道教，使得道教兴盛起来。北魏灭亡后，道教的发展也进入了艰难阶段。在北齐，于555年废除道教，“敕道士皆剃发为沙门……于是齐境皆无道士”。北周武帝灭佛时，也将道教一起灭了。直到580年杨坚执政，才重新恢复了道教。
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