南岛人的迁徙图，唯独绕开了澳大利亚
第二个缺陷，科学家对波利尼西亚人的狗也进行了线粒体DNA测序，发现它们属于Arc 1和Arc 2这两个单倍型，不是澳洲野犬的A29。
第三个缺陷最为致命。细胞核和线粒体DNA都显示澳洲野犬有两大分支，西北澳野和东南澳野分化已有8300年之久，而东南澳野和新几内亚唱犬分家只有7800年。
这说明，澳野的产生不是在澳洲大陆，而是在大洋洲另外一个地方（最可能是新几内亚），然后兵分两路*进澳大利亚的。而且这个时间节点应该在8000年以前，比南岛人的扩张早得多。这可以说直接否定了“南岛人说”。
科学家又对澳洲野犬父系遗传的Y染色体进行了分析，发现有两个Y染色体单倍型：H3和H60。H3在东亚和北欧都有出现，H60则源于东亚H5的突变。澳洲东北的野犬和新几内亚唱犬都是H60，澳洲西部只有H3，而南部同时有这两种但以H3为主。
纳拉伯平原的一只澳洲野犬
Y染色体结果同样支持澳洲野犬的祖先来自东亚，它与新几内亚唱犬是姐妹群，以及它分两拨进入澳洲这些结论。
狗在华南地区被驯化以后，传播非常迅速，用了2000年就横跨欧亚大陆（欧洲1.4万年前狗的遗骸为证），同样它们也能很快到达亚洲最南端，在冰期（1.2万年以前）海平面很低，马来半岛和巽他群岛是连在一起的。
但是，巽他群岛和新几内亚早就分开了，中间的海峡至少有50千米宽。野犬游不了那么远，必须乘船才能过去。最大的可能是，当时巽他群岛的先民可能曾经乘着简易的小木船漂洋过海，来到新几内亚，狗就跟过去了。
澳洲野犬南渡时东南亚和大洋洲的海陆格局
大洋洲缺乏可以制约野犬的大型食肉动物，而当时新几内亚、澳洲大陆以及托雷斯海峡的一些海岛都还连在一起（约8500~6500年前分开），因此野犬很快在这些地方扩散开来，尽管把他们带过去的居民未能在此立足。
澳洲土著可能很快接纳了野犬，并帮助了它们扩散。从那时起，澳洲野犬和新几内亚唱犬就与外界的狗隔离了，直到欧洲殖民者到来。
澳洲野犬的产生充分证明了狗的扩张虽然借助人类，但不依赖于人类。由于南岛人未能在澳洲立足，新石器时代的文明成果如农业、鸡和猪都没有惠及澳洲，但狗早在它们之前就偷偷跑过去了，并以独特的方式生存至今。
澳洲野犬据说桀骜难驯，但仍有人饲养它
澳野起源于新石器时代之前还有个旁证。狼和狗都有个AMY28基因，这个基因与淀粉酶合成有关。新石器时代以后种植业蓬勃发展，人类有粮食吃了，那些在东亚、欧洲与人类一起享受农业文明的狗，该基因的拷贝数都大大增加了，而澳洲野犬却与狼、哈士奇一样，只有两个该基因的拷贝，消化淀粉的能力还很弱。
留守狗的命运澳洲野犬下了南洋，它们的祖先还有一部分后代留在华南以及东南亚大陆上，理论上讲，这些“留守犬”就是澳洲野犬最近的亲戚。20世纪90年代就有很多犬科专家持这种观点，将新几内亚唱犬和泰犬（东南亚野犬）都作为澳洲野犬的同类，相应的，中国土狗就是它们的近亲。
