婆罗洲伊班人的猎犬
然而基因分析证实，这种想法是完全错误的，因为这低估了狗和其主人——人类的迁徙能力。近几千年来，东南亚发生了多次大规模的人口迁徙，其中至少三次给该地区狗种群的遗传结构带来了深远影响。
第一次是南岛人的迁徙。南岛人将当时东南亚的狗带去了波利尼西亚群岛和新西兰，这些狗就是波利尼西亚土狗——澳洲野犬的表亲。因为澳洲大陆已经有土著人和野犬了，南岛人和他们的狗都来晚了，未能成功殖民
新几内亚是澳洲野犬和波利尼西亚土狗迁徙的共同中转站，因此这里既有澳洲野犬的线粒体单倍型A29（占20%），也有波利尼西亚土狗的单倍型Arc 1（占7%）。
狗在东南亚和大洋洲的迁徙路线，以及各地的线粒体单倍型比例
第二次是侗台人的迁徙。从炎黄时代到秦汉，侗台人为了扩展新的生存空间，不断从我国南方迁往东南亚，当地原来的狗基本被侗台人的狗取代了。
澳洲野犬的Y染色体单倍型H60是东亚H5的突变型，它们有一个共同的父系祖先。然而H5现在在东南亚已经十分罕见，在台湾却很常见。这说明澳洲野犬祖先在东南亚大陆上基本没有活着的父系后裔了，只有在台湾这些海岛上还有残存。
澳洲野犬的母系单倍型A29在东亚和东南亚都还存在，但对更长的线粒体DNA序列进行分析得知，亚洲的A29和大洋洲的A29是有区别的。这意味着，它们虽然都是A29始祖（1.6万年前华南地区的A29母狼）的后代，但不属于同一支。如此看来，澳洲野犬的最晚母系祖先在亚洲已经绝嗣了。
皇家兽医学院解剖博物馆陈列的澳洲野犬骨架
第三次是中国人的迁徙。我国学者研究发现，距今7000至2000年前，我国黄河和长江流域的狗基本属于线粒体A1b亚支（有的文章写作A2），澳洲野犬和波利尼西亚土狗都是这个亚支的。然而，今天的中华田园犬却很少有A1b亚支的。
汉朝以后，大量边疆地区的狗涌入，原来中原地区的狗很大程度被取代了。澳洲野犬虽然来自东亚，但它是东亚原生狗南迁的后裔，中华田园犬则是后来者的子孙，两者是没有直接关系的。
殊途同归的演化根据遗传学分析，澳洲野犬和非洲的巴仙吉犬一样，都属于狗的基础类群。所谓基础类群，就是在狗的进化早期分化，位于其共同祖先附近的分支。这意味着，澳洲野犬代表了早期未分化犬类的一个独特隔离种群，与现在任何一种家犬的亲缘关系都很疏远。
中华田园犬
在古代，东西方的狗一直存在小规模的基因交流，但澳洲野犬在8000年来一直处于隔离状态。因此，虽然中华田园犬长相与澳洲野犬相像，但它与澳洲野犬的关系比与吉娃娃、博美、贵宾、柯基这些长相千奇百怪的犬种还要疏远。
有的读者可能不服，既然澳洲野犬和中华田园犬不是近亲，那为什么长得那么像？这是因为它们都没有经过人工选择，狗在自然选择下就会演化成这个样子，亚洲南部的狼也是长类似样子，这种现象叫做平行演化。
从澳洲野犬的早期遗骸来看，最近3000多年来它的形态没有任何变化，足以说明它没有经过人工选择。中华田园犬也是在我国古代农耕社会发展起来的自然犬种。欧洲一些犬种独特的长相是最近几百年人工培育的结果。
