维吾尔族是我国一个优秀而古老的民族，其在新疆境内的分布很有特点，即主要分布于天山以南，塔里木盆地周围的绿洲是他们的聚居中心，其中尤以喀什噶尔绿洲、和田绿洲以及阿克苏河和塔里木河流域最为集中。另外，天山东端的吐鲁番盆地，也是维吾尔族相对较为集中的区域。而天山以北的伊犁谷地和吉木萨尔、奇台一带，只有为数不多的维吾尔族定居。这就是说，南疆地区的维吾尔族人口数量要绝对多于北疆地区，而这与维吾尔族形成和发展的历史有着密切的联系。
中国历史上的回鹘人是今天维吾尔族人祖先。回鹘是古丝绸之路上的一个重要的民族，在唐朝中前期称为回纥，唐德宗贞元四年（788年），其可汗奏呈唐朝同意将族名改为回鹘。该族在唐代时兴起于蒙古高原，并成为一个强悍民族，曾助唐平定安史之乱，和唐王朝保持着紧密的政治、经济和文化往来。
840年，回鹘汗国瓦解后，居住在漠北的回鹘部落大部分南下华北，还有部分回鹘部落依附黠戛斯。南下的这支据今天的学者们估算，大约有30万人，他们停留在唐朝的边境，和唐朝产生了摩擦。后来，这部分大部分被唐朝招抚，融入唐朝，另有一部分根据《资治通鉴》的记载，被唐朝迁移至江淮地区。因为当时还没有维吾尔民族这一概念，所以，这部分人就此融入汉族社会。
在停留原地、南下的同时，回鹘人同时西迁，分为三支，最先的一支与边境的回鹘人会合，之后越金山（今阿尔泰山）入唐安西都护府境内，并很快在这带立住了脚跟。首领是阿萨兰汗，冬住高昌（今吐鲁番），夏居北庭(今新疆吉木萨尔破城子)。史称称高昌回鹘或西州回鹘。他们占据了很大地盘，极盛时辖地西逾热海（今吉尔吉斯境内）。东控沙州。先后归附过唐、西辽。
另外一迁至葱岭西楚河、七河流域一带，该部回鹘和当地其他突厥语民族组成喀喇汗王朝、又称为葱岭西回鹘、阿萨兰回鹘，极盛时所辖东起库车，西至咸海，南临阿姆河，北抵巴尔喀什湖的广大地区。
还有一支迁入河西走廊，史称河西回鹘、甘州回鹘，后来成为河西地方的土著，即是现在的裕固族。
定居西域的回鹘后来归顺成吉思汗，经过繁衍发展，至16世纪初形成了维吾尔族。其时，他们融合了早就分布在天山以北和西部草原游牧的突厥语各部，又融合了两汉以来移居这里的汉人，以及原来就居住在南疆广大地区操焉耆、龟兹、于田语的人民以及其后迁来的吐蕃人、契丹人和蒙古人。尤其是在14世纪察合台汗国分裂后，自称“蒙兀儿”的数十万蒙古诸部族，16世纪以后，除少部分加入哈萨克族外，绝大部分都融入维吾尔族。
