黑膜沼气池施工完成后，应加设围栏，防止无关人员在沼气池范围内活动。
如有必要，检查水池是否漏气。首先人工检查是否有泄漏，然后使用压力表进行测试。关闭出气管，停留10分钟观察压力表是否下降，管道是否泄漏；然后用水压试验法检查沼气池是否泄漏；沼气池投入使用前，确认沼气池已完全密封。
养殖排放的固液粪便污水经氧化后加入沼气池。进入沼气池的少量粪便污水多次排放，以实现反应平衡，且进出量也应平衡，以使产生的沼气具有火力。
当沼气池充气不充分时，如遇下雨天气，导致表面大面积积水，应立即进行排水处理。积水太深会影响沼气池的使用寿命。
沼气池正常运行时，搅拌机无需半年排渣一次。如果搅拌机需要每年排放一次炉渣，如果气体产量减少，且在排渣时间之前出水水质变黑，搅拌机也应排渣。排出的沼渣可直接进入鱼塘作为饲料或用作农业肥料。
此外，黑膜沼气池还节省了污水处理费。粪便污水经过生物堆肥和厌氧发酵处理，*灭有毒有害细菌、病毒和寄生虫卵，蚊子，减少人畜疾病的感染，大大减少污水和其他有害杂质造成的污染，避免地下水和下游水质污染，有效保护当地和下游饮用水。
