在普洱茶的发酵过程当中确实会出现多种菌种。发酵初期，茶中微生物以黑曲霉和根霉为主，后期则出现灰绿曲霉、青霉和酵母，总霉菌群数量不低于5亿。不过这些都是对人体无害的菌种，进入身体后不会影响健康。虽说这茶中的霉菌数量有点吓人，但有实验表明：与没有冲泡的干茶相比，已经泡好的普洱茶汤中，霉菌菌落数减少了88%以上。所以，在喝它之前，最好先用开水认真“洗茶”，就可以使茶中的霉菌数量大大减少，这样能够使茶叶更加干净，口感也会更好。
霉菌中，最令人担心的就是黄曲霉素，它是黄曲霉和寄生曲霉等某些菌株产生的有毒代谢产物。黄曲霉素的毒性是砒霜的68倍，被世界为生组着(WHO)列为I类致癌物。这种霉素大多产生于发霉的粮食、坚果等食物中。
黄曲霉是比较常见的一种霉菌，大量存在于空气和食物中，但并非所有黄曲霉都能产生毒素，只有携带产毒基因的黄曲霉，且在合适的营养条件和温湿度下才能产生黄曲霉毒素。那在普洱茶生产加工过程中有黄曲霉毒素的产生呢？
普洱茶中有没有黄曲霉毒素？早在2012年云南农业大学的研究团队通过模拟发酵实验表明：普洱茶发酵过程初期会有部分黄曲霉（非黄曲霉毒素）在茶样内出现，但在发酵后期，黄曲霉的生长明显受到抑制，发酵终止时并不会产生黄曲霉素。
之所以是这样的实验结果，主要有以下几个原因：
第一，只有具有产毒基因的黄曲霉菌株才能产生黄曲霉毒素。要知道，从自然界中分离的黄曲霉菌株当中，仅有10%能产生毒素。
第二，普洱茶发酵过程，不利于黄曲霉毒素的产生。
首先，普洱茶发酵过程中，黑曲霉是优势菌种，是普洱茶微生物中的主力军，占比最大，占约80%，它不仅能抑制黄曲霉的生长、产毒，并能在一定程度上降解黄曲霉毒素B1的生物活性酶。也有许多专家证实：茶叶中的茶多酚化合物对黄曲霉菌的生长和黄曲霉毒素的产生具有抑制作用。
