五代十国时期，诗人韦庄任前蜀宰相，他崇敬杜甫为人，喜欢杜甫的诗文，“思其人而成其处”，在当年草堂遗址上重建茅屋，使之得以保存。宋代时草堂又进行了重建，并在墙壁上绘制了杜甫像，开始形成祠宇。此后，草堂屡兴屡废，其中规模最大的两次重修，一次是明弘治十三年（1500年），一次是清嘉庆十六年（1811年），基本上奠定了今天草堂的规模和布局。
明末，张献忠农民起义军入川进入成都，草堂毁于兵火。清代，康熙、雍正、乾隆、嘉庆都对草堂进行了重建和修缮，但到了民国后期，军阀混战，草堂成为军队的马厩和治疗伤员的场所，这多时期对草堂的破坏很大，祠宇门窗、亭台水榭悉数拆毁，所悬楹联匾额损失殆尽，有的直接当柴火烧了。至此，草堂面目全非，几成废墟。
