蜂蜜是含糖的高能量食品，特别是两种单糖的含量较高，极易被人体吸收，进入肠道后无需消化可直接被吸收入血，使血糖迅速升高，所以糖尿病病人一般要慎用蜂蜜。
自然生产的蜂蜜常会含有少量肉毒杆菌及其毒素，一般不会造成食用者中毒，对健康的危害也可忽略不计。但是，未满一岁的婴儿因肠道菌群尚不完善，吃蜂蜜可能会引起肉毒杆菌的中毒，小于6个月的幼儿更容易受害。
蜂蜜中含有少量的植物次生代谢物质，如蜂胶等，可以缓解便秘等症状，具有一定保健作用。但是对长期腹泻者，最好忌用蜂蜜。一般人服用蜂蜜也尽量不和凉性食品如西瓜等同时食用，以免腹泻。
