可是，接下来，朱祁镇不仅没有死，他还被当作瓦剌人要挟明朝的筹码。《明史纪事本末》云：
是日，皇太后遣使赍重宝文绮，载以八骑，皇后钱氏尽括宫中物佐之，诣也先营请还车驾。
听闻瓦剌人要钱，孙太后为了救儿子，她和钱皇后几乎把宫中值钱的财物都拿去，派八匹快马运到瓦剌，希望能换朱祁镇回来。
瓦剌人尝到了甜头，继续以朱祁镇为筹码，不仅要钱，还想靠朱祁镇敲开大同的城门。当瓦剌大军突破宣府，直奔京城的时候，将士们人心惶惶，徐有贞等人甚至建议迁都南京，以避战祸。这时，兵部侍郎于谦等人认为，若想摆脱这种窘境，必须要解决两个问题：第一要让朱祁镇失去被要挟的可能，第二是要一个成年的君主来带领大家抗敌。
所以，于谦向孙太后建议，拥立郕王朱祁钰为帝，尊朱祁镇为太上皇。这样一来，大明朝有了新的主心骨，太上皇不再是皇帝，也没有了利用价值。于谦是八月二十三日上奏给太后的，而太后直到八月二十九日才同意于谦的奏请。也就是说，她犹豫了6天。
若不是有亡国亡家的危险，孙太后或许不会把儿子的皇位拱手让人。尽管如此，孙太后还是留了一手，那就是：朱祁钰可以登基，但是，太子朱见深的地位不能变。
换句话说，朱祁钰只能是个“临时工”，待朱祁钰呕心沥血保家卫国、帮朱祁镇收拾完烂摊子之后，皇位还得还给朱祁镇一脉。
所以，不得不佩服，孙太后若去做账房先生，必定能打一手好算盘。
接下来，朱祁钰和于谦等人打赢了“京师保卫战”，瓦剌退兵。次年，朱祁钰派人迎接朱祁镇回朝，此后，朱祁钰为了稳固皇权，将朱祁镇关到南宫之中。
这个时候，朱祁钰羽翼已丰，孙太后已经不能干涉了。三年之后，朱祁钰决定废黜朱见深，立自己的儿子朱见济为太子时，孙太后没有出面干涉。可见，朱祁钰在打败瓦剌人之后，声望很高，孙太后除了拥有“嫡母”的头衔外，并没有太多制衡朱祁钰的办法。
景泰三年，朱祁钰的独子朱见济被立为太子，景泰四年，当了一年半储君的朱见济去世。正史上没有记载朱见济的死因，但在野史上有两种主流的说法，第一种是说朱见济是被忠于明英宗的大臣害死的；第二种说法是说朱见济是被孙太后派宦官毒死的。这种说法虽不可信，但有一点可以确认，那就是孙太后和朱祁钰的母子关系，当时已经不可调和。
到了景泰八年，明代宗朱祁钰病重，膝下尤空，太子之位未定，群臣担忧。当时，襄王朱瞻墡和前太子朱见深都成了皇储的人选。但石亨、徐有贞等人怕被别人抢了“拥立之功”，于是密谋发动“夺门之变”。在夺门之前，他们派宦官曹吉祥秘密联系孙太后，孙太后听闻要让自己的儿子复辟，哪有不支持的道理。所以，大明朝的皇位更迭就这样发生了，由于有孙太后的懿旨，这场政变变得“合法”了。
五、铁打的太后，流水的皇帝。铁打的太后，流水的皇帝。此前朱祁镇被俘，朱祁钰登基，孙氏是太后。现在朱祁镇复辟，朱祁钰下野，孙氏仍是太后。在夺门之变之后，孙太后把自己的长兄孙继宗也列在功臣名单之中，趁机给大哥赚了个侯爵（会昌侯）。总之一句话，“夺门之变”孙太后是得利者，不仅她的亲儿子坐上了皇位，她娘家兄弟也提升了爵位，她在后宫之中，也再一次得到荣宠。
