有机硅聚合物可以引起大分子蛋白类药物的聚集，影响蛋白药物的三级结构乃至活性，例如胰岛素等。
对于动物或人体健康，未发现报道其明显危害，偶见口服后无剂量相关性的眼睛不透明度增加的现象，或由注射器引入的硅油小液滴经眼注射引起玻璃体悬浮物。
小分子有机硅化合物的毒性相对有机硅聚合物在实验中表现得更为明显。最典型的有D4，可引起小肠发炎、肺泡巨噬细胞聚集、弱雌激素或雌激素拮抗作用导致小鼠促黄体激素高峰来临推迟等症状。
高剂量可能导致死亡，例如皮肤涂抹10000mg·kg-1体重剂量的HDMS可导致兔子死亡，而同剂量HMDS对大鼠无致死或毒性作用。
除HMDS外的其他小分子有机硅化物，未见报道致死剂量，皮肤涂抹超过4640mg·kg-1体重剂量对兔子无致死作用。
硅胶管是由硅胶弹性体制成，硅胶弹性体主要是由二氯二甲基硅烷水解聚合形成的聚二甲基硅氧烷类聚合物组成。
二氯二甲基硅烷在水解作用下生成二羟基二甲基硅烷，进一步脱水聚合为线性的聚二甲基硅氧烷和环状的聚二甲基硅氧烷。
聚二甲基硅氧烷聚合物属亲油性化合物，随着聚合度增加，其油水分配比，同时挥发性减小，聚合度大于15的PDMS已经不挥发，在空气中无法检测到，但相对分子质量较小的环状或线形PDMS具有挥发性。
大相对分子质量的PDMS可能暴露途径是口服或注射，不太可能通过吸入途径进入人体，也不会经皮吸收。
