通风库贮藏
通风库条件因贮藏前期温度偏高，中期又较低，一般也只适宜贮晚熟苹果。
贮藏前期，多利用夜间低温来通风降温；
贮藏中期易遭受冻害，应减少通风，库内应在垛顶、四周适当覆盖，以免受冻；
贮藏后期，库温会逐步回升，需每天观测记录库内温度、湿度，并经常检查苹果质量，检测果实硬度、糖度、自然损耗和病、烂情况。
冷库贮藏
贮藏时最好单品种分别单库贮藏，入冷库前应在走廊晒热预冷再入库，加强温度、湿度的调控。若想保持苹果的色泽和硬度，可以用聚乙烯透气膜袋来衬箱装果，并加防腐药物，有利于延迟后熟、保持鲜度、防治腐烂。
气调贮藏
气调贮藏是一种大规模的果品贮藏手段，通过对环境内温度、气体组成及相对湿度的调节，达到控制苹果呼吸作用，抑制病原菌滋生和果实水分的损耗，保持果实品质，延长苹果贮藏的目的。气调冷藏比普通冷藏能延迟贮期约一倍时间，可贮至下年6～7月,保持质量仍新鲜如初。
苹果贮藏过程中也要预防一些生理性病害的发生，如苦痘病、虎皮病以及低温伤害等；真菌性病害主要有褐腐病和青霉病等。贮藏前期青霉病和褐腐病发生较多，中后期虎皮病比较常见。
苦痘病
虎皮病
多数病害都是由于果树生长期管理不当而增加了贮藏过程中的发病几率，所以在果树生长期科学管理，增施菌肥有机肥增强树势，并加强贮藏期管理是防治贮藏期病害的根本。
