一、根
苹果的根系常呈水平分布和垂直分布，但与所选砧木种类的不同而有差别。山丁子、林檎、崂山柰子、八棱海棠等乔砧的根系强大，主根和侧根粗壮较多，盆栽时便于做提根造型。矮化砧木的根系须根多，主根不明显，不易做提根式盆栽的砧木。
二、芽
苹果的芽分为叶芽和花芽。叶芽抽生枝条长叶，花芽开花结果。苹果的花芽分化时期多集中在6月，花芽分化的早晚与其花芽发育的质量有直接关系，并且直接影响来年的坐果率。因此，盆栽时应注意适当的肥水和光照，尽量保护叶片完好，增加营养积累，才能使其形成高质量的花芽。
三、枝
盆栽苹果的枝条大致可分为三类：即长枝（30厘米以上）、中枝（15～30厘米）、短枝（15厘米以下）。依苹果枝条性质不同可分为营养枝和结果枝，前者只着生叶片，后者开花结果。
苹果的枝是构成树形和贮藏营养的重要器官，并且枝龄越大，贮藏营养水平越高，越有利于结果。因此，盆栽时应尽量促其多发枝，增加分枝级次，控制秋季新梢生长，减少营养消耗，才能达到盆栽早结果的目的。
四、开花结果
盆栽苹果的花芽为混合花芽，主要由枝条的顶芽形成，少量由腋花芽形成。多数品种以顶花芽结果为主，个别品种如乙女、冬红果等腋花芽坐果率也极高。
苹果的结果枝根据其长度分为短果枝（5厘米以下）、中果枝（5～15厘米）和长果枝（15厘米以上）。盆栽时，一般以短果枝结果为主，中、长果枝结果为辅，使其达到树体疏密合理，结果丰满。
苹果的大部分品种自花授粉坐果率很低，只有异花授粉才能提高坐果率，因此，盆栽时要注意授粉品种的配置和人工辅助授粉。
苹果的果实发育大致分两个阶段，前期为细胞分裂期，多数品种需30～60天；后期为细胞间隙膨大期，主要是细胞体积增大和碳水化合物等营养物质的积累。
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