当法罗集团意识到玩大了的时候，法罗集团总裁死皮赖脸地求伊丽莎白回来救场。伊丽莎白回来一看，完了芭比Q了，她也干不过这些灭世机器人。而且伊丽莎白推算出了随着这些灭世机器人疯狂复制，并且疯狂无差别吞噬有机物，人类就算全部武装起来也只能坚持54周。人类破译并让这些灭世机器人停止工作，需要半个世纪。
于是伊丽莎白就和军方合作推行一个叫做“零之曙光”的计划，计划本质就是研发一个人工智能“盖娅”，然后建立几个与世隔绝的避难所。盖娅和一部分被绝育的人类就在其中直到灭世机器人程序被停止。同时间还有一个叫奥德赛的计划，就是一部分人坐宇宙飞船带着地球生物基因库，知识库和人类胚胎逃到外太空宜居星球。奥德赛计划在《地平线：零之曙光》中是失败了，在《地平线：西部禁域》中则是非常重要，本文不涉及。
这个时候全世界环境依旧不适合有机物生存，盖娅要做的就是一个人孤独地修护地球生态环境，避难所里面的人差不过几十年也都会死去。游戏中玩家猎*的各种仿野生动物的机器人，这些机器人本职工作就是修护地球环境。等地球环境恢复差不多，盖娅就会先释放植物种子，之后是动物胚胎，然后是人类胚胎，最后重塑人类文明。
盖娅本质上是一个主系统，下属还有好几个子系统。如阿波罗，黑帝斯，赫菲斯托斯等。每一个子程序都有一定的功能，有强有弱。但是小航母点名的这三个非常重要，接下来会讲。
首先是阿波罗的作用是把如今人类辉煌的文明和知识传承给未来的人类，本质就是知识库，但是有知识传递和教学作用，有点像一个老师。这时候法罗集团的总裁又来作妖了，他认为人类之所以会玩到如今这个地步，就是被自己的知识诅咒了，未来人如果继承现在人的知识早晚也会再次走上这条路。于是乎法罗集团的总裁就把负责阿波罗子程序项目的所有人员召集起来开会，然后抽干会议厅所有空气把整个项目组成员全灭。这也是游戏中尽管那些机器人看上去很科幻，但是人类却处于原始部落小聚居的原因，因为阿波罗项目组的意外，现代人类的知识和科技并没有传递给未来人。
接下来继续聊盖娅，盖娅在用了快一个世纪才停止法罗机器人，然后慢慢修护地球，修护地球到人类宜居差不多用了快1000年。盖娅底下有一个子程序叫黑帝斯，负责毁灭，因为盖娅第一次重塑地球环境，如果跑偏了，就需要删除盖娅在地球上干过的一切，让地球恢复到白板状态，而黑帝斯就是负责这个工作的子程序。赫菲斯托斯则是具体负责生产各式各样的机器人，游戏中组装机器人的流水线工厂叫“大坩埚”。
在盖娅不断修护地球的时候，有一天一个未知的信号传来，导致所有子程序都有了自己的想法，纷纷逃离盖娅，盖娅深知黑帝斯的危险就打算与之同归于尽，但是实际上黑帝斯跑了盖娅只是炸死了她自己。在盖娅要与黑帝斯同归于尽前，盖娅克隆了伊丽莎白的胚胎细胞，这个带着伊丽莎白血统的小女孩就是游戏主角埃洛伊。
埃洛伊由于是克隆出来的，原始部落的人一看这孩子没有母亲直接出现在圣山门口，人类对于未知第一反应都是恐惧，于是埃洛伊只能让一个流放者收养。埃洛伊从出生就变成了流放者，备受部族的排挤。一次意外埃洛伊掉入了一个避难所，并且拾得一个全息眼镜，聪明的埃洛伊很快便学会驾驭全息眼镜去了解这个世界。
随着年龄的增长埃洛伊参加了部族的考试，从流放者被部族接受，在考试时被黑帝斯指挥的邪教军团袭击，养父为救埃洛伊也被*死。埃洛伊临危受命成为探索者，并且一点点解开身世之谜，最后在众人的帮助下击败黑帝斯，埃洛伊也得到部族和其它王国的认可，甚至收获了一大票小迷弟小迷妹。
讲真女主埃洛伊成长历程给小航母一种《火影忍者》主角漩涡鸣人的感觉，一开始只是感觉女主很特别，但是玩到最后才发现女主是天选之人，是救世主。毕竟不少基因门只有女主才能打开，系统只认女主。而且伊丽莎白创造了盖娅，盖娅又用伊丽莎白的基因创造了女主；伊丽莎白通过盖娅拯救了世界，盖娅又通过女主拯救了世界，有美国经典科幻片《终结者》那个味了嗷。
