▲ 金光闪闪的飞龙腾跃于脊上
▲ 每层檐下有泥金彩龙盘绕柱梁之间
清乾隆十四年(1749年)，雨花阁由来自青海的三世章嘉·若白多杰根据藏传佛教的教义主持修建，是仿照了西藏阿里古格王朝的托林寺坛城殿，在原有明代建筑的基础上改建而成。
这座佛堂兴建的缘起记载在章嘉国师的藏文传记中——乾隆皇帝曾问章嘉国师西藏佛教是如何复兴的，有哪些人在西藏为佛教建有广大功业，他们的主要功绩又如何。
章嘉国师便讲述了古格王朝的王室对佛教复兴所做的努力、西藏佛教后弘期的著名大译师仁钦桑布创建托林寺以及托林寺正殿的建造陈设等情况，听罢，乾隆皇帝即表示在紫禁城内也要修建这样的一座佛殿。
▲ 雨花阁一层内景
于是，这座制式宏伟的藏传佛教密宗佛堂被建起，专用于供奉西天梵像，其中不仅陈设有密教三大本尊珐琅立体坛城，还有来自于清宫造办处工匠与中正殿造佛喇嘛的杰作，以及藏蒙等地向皇家敬献的来自西藏地区、印度和尼泊尔不同时期的佛教艺术珍品，包括金铜佛像、唐卡和法器等。尽管从一定程度上，清朝藏传佛教信仰已经成为团结蒙藏民族、维系皇权的政治需要。
▲ 雨花阁一层北间
值得一提的是，雨花阁内的陈设立体而形象地再现了藏传佛教格鲁派密宗四部的修行理论，将藏传佛教的修行层次，通过佛像与唐卡的陈设，做了具象化的表现。
故宫博物院藏传佛教研究学者发现，雨花阁是自元代藏传佛教引入汉地以来，第一次完整而系统地以建筑和造像的形式，呈现密宗四部及其神系的思想。密宗修行人要严格遵行修行层次和阶段，由此可见，乾隆皇帝在接受藏传佛教的同时，也在试图整合藏密神系的系统和规范。
雨花阁是一座外观三层，实际上内置四层的楼阁式建筑，在一、二层之间靠北部设有暗层，为“明三暗四”的格局。在四层的佛龛供奉上，分别代表着密宗四部修行的不同层次，分别供奉着功行品、行德品、瑜伽品和无上瑜伽品四部密宗佛像。
