▲ 雨花阁二层佛龛题文：“此层供奉行德品佛，应念行德品内宏光显耀菩提佛，佛眼佛母，无我佛母，白衣佛母，蓝救度佛母，显行手持金刚，伏魔手持金刚，蓝摧碎金刚，白马头金刚，无量寿佛等经。”
▲ 雨花阁三层佛龛供案
三层普明圆觉称瑜伽层，供奉以大日如来佛为中心的瑜伽部佛像五尊，即金刚界毗卢佛、成就佛、最上功德佛、普慧毗卢佛和度生佛。瑜伽部五尊佛像均着菩萨装，全跏趺座。
▲ 雨花阁四层佛龛供案
顶层称无上层，也是最为神秘的无上瑜伽部三位主尊佛所在，供奉密集金刚、大威德金刚、胜乐金刚各一尊，位置与底层坛城的主尊保持一致，拉萨上下密院主修的就是这三大金刚。这三尊造像体积虽小但工艺高超，制作精美。
经历了数百年的风雨和政权的兴替，难得的是今天的雨花阁仍然保持了嘉庆以前的原貌，只是由于物件摆放密集且容易损坏，这里并不具备开放条件，但故宫博物院计划将来通过数字技术将这个神秘的佛堂向观众展示。
更为难得的是，这座清宫佛堂以其明确的宣示教理成分，为体系庞大而丰富的藏传佛教图像学和神系研究提供了宝贵的资料，具有极高的宗教意义和艺术价值。
