随着移民人数的大量增加，约翰·温思罗普经过实地考察后决定在马萨诸塞湾中间的肖穆特半岛(Shawmut Peninsula)建立殖民地的首府，这就是如今的波士顿。
英王查理一世的强权统治使英国发生了一场巨变。1642年，查理一世亲自带领武装士兵进入国会抓捕5位反叛的国会议员引发英国内战，国王兵败被俘后于1649年1月30日被砍头处决，国会军司令奥利弗·克伦威尔(Oliver Cromwell)就任国家元首组建共和政府。
1658年9月3日克伦威尔因病去世，其子理查德继任后无法控制局面被迫辞职，英国政局持续动荡，两年后国王之子查理二世在保守派拥戴下于1660年5月29日回到伦敦复辟君主制。
查理二世上台后立即收紧手中一切权力，1651年陆续通过一系列航海法案禁止殖民地独立对外独立开展贸易。1684年撤销马萨诸塞湾公司宪章，将新英格兰、纽约和新泽西地区所有殖民地合并为皇家新英格兰自治领(Dominion of New England)，直接派遣总督管理。不过查理二世非常崇尚科学，成立了皇家学会(Royal Society)，这是一家远比中国科学院还要古老和知名的科学家团体。
