离开王世充便是程咬金新的开始，他选择了归降李世民。可以说这是程咬金这辈子感到最正确的决定，他开始跟随李世民南征北战，立下了赫赫功勋。而李世民在他们的协助下也很快的统一了全国。而随着李世民威望越来越大，逐渐开始威胁着太子李建成的储君地位。而程咬金身为李世民的心腹大将，便称为对方首先针对的对象，李建成为了削弱李世民的力量，便进献谗言准备将程咬金调离京城，让其去康州任职。但是这一阴谋被程咬金看穿，便拒绝了出任康州刺史。
随着矛盾的日益加剧，李建成的手段也越来越狠毒，甚至在李世民的酒水里下毒。这件事正好成为了玄武门之变的导火索，李世民为求自保终于下定决心与李建成争夺帝位。于是赫赫有名的玄武门之变提上了日程，而程咬金也亲生参与了其中。 而随着李世民坐上皇位，程咬金的地位也突飞猛涨。他被李世民册封为左领军大将军，任职泸州都督，并且刺史之位可以世袭，子孙后代都可以享受这份荣誉。
但是在朝廷之中，少不了恩怨曲折，程咬金虽然人员挺好却依旧有看不惯他的人。在西突厥作乱之际，程咬金奉命出征却遭受王文度的陷害。对方假传圣旨，碧辟程咬金下令屠城。这一决定也让程咬金后悔终生，李世民得知后龙颜大怒，便将其变为庶民。但是他毕竟是陪伴李世民多年的老将，当朝皇帝也不可能忘记他的恩情。于是没过多久便再次被朝廷启用，让其领岐州刺史。但此时的程咬金已经年迈体衰无法再为大唐效力，便再次向朝廷请辞。当朝的统治者也体谅这位陪伴了大唐一生的老将军，便允许程咬金在家颐养天年。
可以说程咬金的晚年十分幸福，他不需要再为朝廷的琐事烦恼。他是家中最年长的长辈，并且儿孙满堂，时刻享受着天伦之乐。665年76岁的程咬金离开了人世。当朝统治者为了追悼这位老将军便追封他为骠骑大将军，并且陪葬于唐太宗的昭陵之中。
