叶文洁，一个文革时期的知识女青年，有着深厚的天体物理学知识，她父母也都是大学教授，但收到文革时期大批斗思潮的影响，叶文洁亲眼目睹她父亲被红卫兵折磨致死，也是从那时起，她内心深处渐渐产生对整个人类和世界的不信任和极度绝望。
上世纪70年代左右，大陆秘密在大兴安岭深山进行着对地外生命的探索研究，所谓红岸基地正是此地，随着革命思潮的渐渐消散，加上对专业科研人员的极度渴求，叶文洁阴差阳错被组织调入了基地配合开展研究工作， 由于项目的高度保密性，叶文洁从一开始便做好了在深山基地呆一辈子的打算。
基地里另有两名男士也闯入了叶文洁的生活的，一个是雷政委，一个是xxx，刚开始两人对叶文洁还存在防范心理，不愿她过于接触核心涉密区域，但时间一长，彼此了解加深，情况也有了变化。叶文洁在与XXX的交流中接触到了一本国外读物，内容讲的是当前对农药的极度滥用造成对地球环境的严重破坏，表达者对人类和社会的失望。两人发现彼此对人类的不满有着高度共鸣，也为下步反抗打下了基础。
基地里有一台巨型射电雷达，主要是用来捕捉宇宙中的各种电子信号，寻找外来生命的痕迹，叶文洁因专业对口，负责日常操作和记录工作。接触时间一长，叶文洁渐渐的对设备有了新的认识，她发现可以用巨型射电雷达向太阳发送信息，利用太阳作为信号放大器极大提升信号强度，并向整个宇宙范围内辐射雷达信息。叶文洁内心始终保留着对人类社会的失望，极度希望外来高等生命能够对地球进行改造，对人类进行惩罚，一天晚上，叶文洁怀着这种心理利用射电雷达发送了一天友善的信息，希望假以时日外星生命能接收到并给予回复。
4年就这么过去了，基地内发生了很多事情，日子似乎就这么永远平淡下去，某天晚上叶文洁正如往常一样值班，突然发现当天的雷达接受信号有了异样，似乎里面包含着可读信息，她立即用编译程序对接收到的信息进行识别读取，三行内容立现：不要回答！不要回答！！不要回答！！！
这是三体星球同样一个值班小哥无意中收到叶文洁发出的信息后，本着保护地球，释放善意的初衷发出的警告，里面说，目前只能明确信号发射的大概方向，但对与地球间的具体远近却无法得知，只要地球人不回复消息，面对深邃的宇宙深入，三体人便不敢冒然前往侵略，地球便能保持安定发展。
叶文洁面对三体人发出的警告，依然持有对三体人的期待，心怀对地球人的失望，当即又发送了一天内容更加丰富的信息，邀请三体人前来占领地球，统治人类。4年后，三体人收到了叶文洁的信息，知晓地球仅位于最邻近的太阳系，相隔仅4光年，便立即准备远航计划。由于三体远航船舰最高速度仅为光速的十分之一，而且不能长期保持全速运行加上前期加速和后期减速的时间，预计到达地球的总耗时大概需要400多年。了解到地球科技发展速度呈现不断加速的态势，为避免期间被地球人科技所超越，创造出了4个智子用来锁死地球科技发展步伐。
一个智子即为一个质子，所谓智，因为其本质上是一台超级计算机，通过将质子二维化，其面积可延伸至包裹整个星球，厚度接近于0，三体星球作为工作台在这巨幅面板上进行电路的蚀刻，待工作结束后再将二维质子转化为0维的一个点，不仅可以在人类碰撞机中扰乱粒子碰撞结果，干扰实验进程，扰乱地球基础物流研究，而且可以呈现地球科技无法解释的神迹现象，包括在人类视网膜上印刻相应字符，引起人类社会的恐慌，影响科技发展进度。三体人共制作了4个智子，2个发送至地球，2个留在三体星球，通过量子纠缠可实时监测地球情况，干扰人类发展进程。
汤淼是一个科研学者，其研究的飞刀纳米材料强度高，韧性好，仅头发丝千分之一粗，同时他也是一个摄影爱好者，平时没事喜欢各种旅拍，一天无意间他发现照片里出现了莫名倒计时，别人拍的照片里却没有，顿时惊慌失措，似乎这个倒计时预示着某些恐怖的事件即将发生。
社会上出现了让人不安的各类伤亡事件，针对的都是高知分子或国家科研人员，似乎某些力量害怕地球科技不断发展。在和史强开展调查的过程中，他们逐渐发现了地球上早已成立了一个旨在为三体人效忠的三体组织，他们通过建立在大西洋上的审判者号邮轮上的雷达与三体人保持着联系，交换信息，这艘船的主人是一个美国人，他不远万里前往中国农村开展植树造林，旨在保护环境，反抗对生态视之无物的村民，他也是一个超级富二代，资产总额50亿美元，他用自己的资金为第二红岸基地的建设立下了汗马功劳。
当警方在地球三体组织的一次聚会时抓捕了所有成员，通过严查询问，知道了这些信息，知道了三体人存在的客观事实，但如何应对，了解事情现状和进展还不清楚。在询问中警方了解到地球三体组织与三体人长期联系的信息储存在审判者号邮轮里的服务器上，便开始制定抢夺计划，重点要防止行动暴露导致服务器被毁，思前想后，史强在联合国大会上说服了众多国家高层，确定执行古筝计划，即利用汤淼发明的飞刃材料，在审判者号邮轮通过巴拿马海峡时，提前在两岸立上立柱，河岸之间绑上飞刃材料，两两间间隔半米，可以在不被察觉的情况下*死船上所有人，而且能保证服务器不被损毁。
如方案设想，行动十分成功，警方拿到了地球三体组织与三体人的所有联络信息，也知道了他们的各种行动和会议内容已全在智子的监视之下，突然每个人眼睛上突然出现了一行字，那是三体人到达地球前给人类发送的最后一条信息：你们都是虫子！
