到了元代，因为蒙古本就来自北方，于是便将真武作为开基立业的肇基神加以崇奉，神格地位自然非同小可。
元朝第二位皇帝元成宗时，将真武的封号由“真君”提升为“帝”，号曰“玄天元圣仁威上帝”。直到今天，人们又称真武大帝为“玄天上帝”，这个称号虽然最早见于道书，但由皇帝正式册封却是始于元成宗。其后，元仁宗又因自己生于三月初三，恰与道书所载真武生于开皇元年三月三日相同，故而对真武的崇奉就更加虔诚。
元代南方地区的玄武图像与晋南武神玄武图像风格有明显的不同。这种风格甚至可以上溯至宋代,前引宋代所见的两尊真武像,1尊在武当山,1尊在福建晋江,虽都具有明显的真武特征,但均不强调真武“武将”性格,面相慈善,衣袍沉静自然,线条简化,强调内在修为。
元代南方出现这类圣贤真武图像的原因还有一种说法, 玄帝将其形象托梦集贤学士赵孟頫, 赵孟頫成画之后再由方壶仙人临摹而传给后世。 赵孟頫托梦画像的故事可以解释成替元代玄帝新形象取得合法来源并建立权威的手段。
元代南方道教风雅环境中所出现的富于文人气味的新玄帝图像, 与南方道士文学化、雅化的特色当有深切的关联, 这意味着元代南方出现了新的道教图像传统。南方的这种玄帝图像新传统, 可能在宋代玄武图像形成的过程中就在南方逐步出现了, 元代只是进一步发展而已。
对真武的崇信，到明代达到了顶峰。
明成祖朱棣（永乐大帝）是从侄儿建文帝朱允手中夺取皇位的。在“靖难之役”中，为了师出有名、激励军心，他采纳谋士姚广孝的计谋，宣称北方真武神“显灵”护佑燕军。因为朱棣被封燕王，就藩北平；燕军是自北方起兵向南进攻。而真武正是执掌北方的大神。朱棣自己甚至还披发仗剑，扮作真武的模样，以神灵附体来制造真武神佑的舆论。这样，待其登上皇帝宝座之后，对真武的崇奉就达到了无以复加的地步。
明成祖尊真武为“北极真武玄天上帝”，钦定每年春天三月初三、秋天九月初九祭祀真武；还大兴土木修建真武本山武当山宫观，将其作为“皇家道场”。
据说，武当山天柱峰顶金殿内的真武大帝铜铸鎏金神像，就是按明成祖朱棣的相貌和体态铸造的。至今，武当山还流传着“真武祖师永乐像”的说法。明成祖如此崇奉真武，显然是为了昭示天下：自己的皇权是由真武神授、神佑，篡位是顺乎天意，并借此以安天下民心，维护自己的皇位和统治。
明代的真武崇拜已发展到登峰造极的地步, 真武信仰在明代遍及全国。因而现存的真武图像绝大部分都是明代产品。 如湖北武当山登记入册的现存历代真武像仍有127尊。全国各地的真武庙宇、国内外文博单位仍藏有不少明清时期的真武像。
明代的真武图像继承了宋元以来形成的北方、南方两个发展传统, 并有了新的突破。图像变化更加丰富, 呈现出多元并存的状态, 图像的艺术水平更高, 真武图像的发展走到了巅峰。
明代北方武宗元朝元图传统中的玄帝武神形象依然持续不断地发展, 如明代山西宝宁寺水陆画 《天蓬、天猷、翊圣、玄武真君》 中的玄武,披发执剑, 皂袍跣足, 金甲露出皂袍的面积很大,形象威武, 武神特征明显。衣带飘舞, 动感强烈,玄武仍作为四圣的一员而存在, 与永乐宫真武壁画的风格相似。
但明代从朱元璋起, 出于对全真道唯独修一己性命的看法, 及全真道与元室关系密切的嫌隙,对全真派不大重视。全真派在明代沉寂了下来, 对北方道教图像的发展无疑会有一定的影响。
明代南方地区的真武图像也延续了宋元以来以文神为主的南方造像传统, 明代正一派道教成为法定的道教领袖, 形成了庞大的势力。 由于明代的正一道士多出自江西,属于南方,因而在造像选择上更易于受南方造像传统的影响。正一派道教领袖与明皇室关系密切, 因而南方造像传统影响到了京师,甚而波及全国。
