要说《三国演义》中最吸引人的桥段，自然非单挑莫属，在《真三国无双》系列正统作品中，只有3代有真正的单挑，只不过不是骑马单挑，而是双方关在一个笼子里进行步战，本作的单挑难度很大，特别是部分关卡中的特定武将犹如超级赛亚人一般，例如虎牢关的吕布、合肥之战的张辽，这些对手数值爆表完全打不动，在限制时间内几乎是不可战胜的，一开始玩家以为如此设计是为了符合原著，直到《猛将传》推出后才知道原来是有BUG，本传中玩家只要进入单挑画面，所有装备、道具的强化效果都会消失，只有中断再开游戏才能恢复正常，这个BUG当年不知坑死了多少英雄好汉。
《真三国无双3》的游戏系统同样变化巨大，2代开创的最强武器系统是系列的神来之笔，在本作只有将武器升至9级后，在特定关卡满足特定条件才能够将武器升到最高的10级，这就意味着拿最强的武器前玩家必须先花大量时间升级，而不能像2代那样通过双打的方法让白板武将直接获得，老玩家对这个设定非常不满，这使得该设定在后续系列作品中再也没有出现过。
至于武器属性方面，有鉴于2代中的斩属性武器过于强大，本作将属性从武器上剥离，装备不同的属性玉之后即可让武器获得对应的属性，虽然看起来发动条件更加宽松，但只有在无双槽全满时才有几率发动属性攻击，而2代中强到逆天的斩属性，在本作中改为只有1/6或1/3几率令杂兵即死，对武将则只能造成固定的追加伤害。
游戏模式方面保留了自由模式，增加只能本地游玩的挑战模式，最重头的无双模式改为以国传的形式进行，其中魏、蜀、吴传各有6章，董卓、吕布、袁绍、南中、黄巾传各有4章，每章会有1-3个关卡，除了最后一关外，其他关卡的顺序都可以自己决定，满足特定条件后能打出外传关卡，根据玩家的表现，结局还有4种变化，设计者原本希望以国传来展现壮美的历史史诗，但由于每一章可使用的角色非常固定，导致有剧情的角色数量大幅减少，反而让玩家认为此举是在偷工减料，这也是设计组当时经验不足所带来的教训。
