朱标的去世，打乱了朱元璋太多的计划，朱元璋肝肠寸断，几乎一夜白头。后来，在刘三吾的劝说下，朱元璋决定将皇位留在朱标一脉。
据《明史·本纪第四》记载：
帝生颍慧好学，性至孝。年十四，待懿文太子疾，昼夜不暂离。更二年，太子薨，居丧毁瘠。太祖抚之曰：“而诚纯孝，顾不念我乎。”洪武二十五年九月，立为皇太孙。
朱标病重期间，朱允炆在床榻前侍疾，昼夜不离。朱元璋认为，作为朱标名义上的嫡长子，朱允炆是个至诚至孝的好孩子，因此，决定立朱允炆为皇太孙。
六年后，朱元璋驾崩，朱允炆顺利继承大统，改元建文，是为建文帝。朱允炆追尊父亲朱标为孝康皇帝，而吕氏作为朱允炆的生母，自然被尊为太后。如此一来，吕氏变成了大明朝的第一位皇太后（不含追尊）。
从降臣之女，到太子侧妃，再到太子正妃，再到皇太后。吕氏人生的每一步都好像有“运气”的加持。
然而，让吕氏没想到的是，她前半生貌似把运气已经用完，后半生却没活成太后该有的样子。
洪武三十一年八月，登基仅3个月的朱允炆便开始削藩，周王朱橚被贬为庶人，流放云南，其他诸王人心惶惶。此后一年之内，又有四位藩王被削，他们或被贬为庶人，或被囚禁于宫墙，湘王朱柏不堪折辱，竟然举火自焚了。
建文元年七月，惴惴不安的燕王朱棣终于下定决心，举兵“靖难”。明朝开国不足40年，便迎来了一场大规模的内部战争。
其间，朱允炆用人不当，昏招频出，最终输了这场叔侄大战。建文四年六月，朱棣攻入南京城，朱允炆放火烧掉偏殿后失踪。
需要说明的是，和朱允炆同时失踪的，还有他的妻子马氏和长子朱文奎，而朱允炆的母亲吕太后则被朱棣活捉。从此，大明朝的第一位皇太后，又变了身份，她此时是朱棣的囚徒。
四、太后守陵三子皆苦，庙堂争斗妇孺何辜朱棣虽然是篡位者，但吕太后毕竟是他的长嫂，朱棣对她多少还保留着尊重。《明史》记载：
迓太后至军中，述不得已起兵之故。太后还，未至，宫中已火。
这段话说得非常委婉，意思是，朱棣攻入南京后，“迎接”吕太后到军中。朱棣向大嫂诉说自己是逼不得已才起兵的。等太后返回时，朱允炆已经在宫中纵火了。
估计，当时吕后落在朱棣手中，朱允炆以为母亲已经殉难。也就是说，朱允炆失踪前并没来得及和母亲告别。根据《万历野获编》记载：
后出宫复故号为太子妃。寻命懿文诸子。吴王为广泽王、居漳州。衡王为怀恩王、居建昌。是年俱召还。锢之凤阳高墙。
朱棣登基后，不承认建文帝的正统地位，他废除了建文帝的年号。不仅如此，朱棣也不承认大哥朱标“孝康皇帝”的身份，他将朱标重新降为“懿文太子”，而作为朱标的妻子，吕氏从大明朝第一位皇太后，再次被降为懿文太子妃。
纵观史册，从太子妃逐渐晋升为太后者居多，然而，从太后降为太子妃者，极为罕见，而吕氏便是一例。
朱棣登基后，怎么安排大嫂成了一件麻烦事。最终，朱棣将嫂子打发到懿文太子陵园，为朱标守墓，并派重兵监视吕氏，不准吕氏出陵园半步。
