如果说《空轨FC》开启了一个全新的篇章，为玩家们创造了丰富的想象空间，那么第二部《空轨SC》则将整个空之轨迹的故事推向了高潮，也将《空轨FC》中的缺点修正的非常完美。继承FC结尾的伏笔，SC的故事由艾丝蒂尔执意寻找约修亚开始，经过身边人的劝说，艾丝蒂尔重新正视现实，以游击士为己任开始历练，最终和约修亚汇合，保证了利贝尔王国的和平。
《空轨SC》中出现了一些新的人物，同时在FC中那些未揭示身份的人物也一一以真实身份出现在玩家眼前。从这个角度来说，SC无论是故事完整性还是悬疑解决程度方面做的都非常好。体验过《英雄传说VI空之轨迹》三部曲的玩家们的共识是，SC是《空之轨迹》三部曲中最好玩的一部，精彩的剧情和出人意料的反转都可以让玩家大呼过瘾，事件的发生和关键人物的出现也不像FC那样突然。尤其是主角艾丝蒂尔，终于从一个"花痴无脑少女"历练成了一个果断勇敢的游击士，也正视了她和男主约修亚之间的感情。
除了剧情内容比FC更加丰富，《空轨SC》在人物关系上也设置的更加完整，同时根据不同人物之间的羁绊关系，游戏内的剧情也有所不同，这是SC做的做好的地方。最典型的就是在游戏的最后部分，玩家到达浮游都市与"噬身之蛇"的成员战斗时，携带不同的队友进行战斗时就会触发不同的剧情。比如携带雪拉扎德和"幻惑之铃"露西奥拉作战、携带金和"瘦狼"瓦鲁特作战等，都有独特的剧情对话。
从男女主角到其他角色，玩家们能从中感受到不同人物之间复杂的情感，甚至是感同身受的体验。像卡西乌斯和艾丝蒂尔这对父女之间的相处方式、艾丝蒂尔对约修亚的感情、雪拉扎德姐妹之间的无奈等等，玩家在体验这些内容的时候很容易代入自己的情感，因为很多人物之间的关系就像现实生活中一样。《空轨SC》的提升可以用一句话总结为：虚拟的故事，真实的情感。
全员集合，最后的出击——《空之轨迹3rd》在《空轨3rd》中，主角变成了前两部经常在关键时刻出现的凯文神父，以回收古代遗物为己任展开故事历程。当然，利用古代遗物获取力量的结社仍然是最大的敌人。前两部作品中大多数人物都会悉数登场，因此3rd也被玩家戏称为"空之轨迹全家福"。
