顺便说一下，尼欧肚脐眼旁边还有一个长得像肚脐眼的洞洞，不用过度解读了，这是基努里维斯身上的原伤。
画面一转尼欧在自家床上惊醒，惊觉自己像是做了一场梦，这里有不同说法，有说是尼欧被弄晕送回来，又或者是特工操纵了尼欧在矩阵里运作轨迹，让其自身躯体进行跳切。
我这里更愿意相信是前者，从这个系列来看，不管是虚拟还是真实世界，时间的流逝是一致的，所以尼欧的断片，应该是机械虫进入后尼欧昏厥，并被带回到家中，特工会利用虫子继续追查尼欧。
这时尼欧接到墨菲斯的电话，让他去桥下汇合，尼欧去到后崔妮蒂接他上车，并用设备取走他体内的机械虫。
之后崔妮蒂带尼欧去到墨菲斯那，两人互相客套了几句，墨菲斯还说了些具有哲思意味的话术后，名场面出现，墨菲斯各拿出草莓味和蓝莓味的药丸让尼欧选，草莓药丸能给尼欧找到他怀疑这一切的答案，而蓝莓味则让他回归原本的生活，忘掉今天这一切。
尼欧当然选了草莓味，这是一个程序追踪好定位尼欧肉躯体的坐标，之后尼欧开始产生幻觉，镜子破镜重圆，之所以产生幻觉，我的理解是他吃了红色药丸并插上线路被追查过程中，真实世界的躯体开始正在被唤醒。
之后真实的尼欧在类似于子宫的器皿中苏醒，展现在他眼前的是密密麻麻的人类储藏器皿，并伴随发出高能的电压。
这时一台机器虫过来，发现尼欧已经苏醒，决定做废弃处理，解开尼欧后脑门的意识控制端口，还有身上的各种管子，尼欧就像马桶里的排泄物被冲到巨大的下水道。
早已定位好排出口的墨菲斯在下水道那已恭候片刻，马上进行捞人，尼欧就此进入到真实的世界。
之后尼欧像婴儿来到人世一样，大家对他好生照顾，做各种恢复式疗养，逐渐适应后，墨菲斯带尼欧重新参观飞船并认识战友。
更重要的，墨菲斯带尼欧重新认识了矩阵母体，墨菲斯带尼欧进入到一个模拟类的矩阵母体，在这里墨菲斯再次上演哲理大师滔滔不绝，阐述真实与虚拟，唯物和唯心之间的一念之隔。
之后墨菲斯给尼欧解释了为何真实世界会变得如此黑暗残破，前面已经详细聊了就不复述了。
