不过现代化的尾翼稳定脱壳穿甲弹发生跳弹的几率已经很少了，所以在后续的99式坦克改进版本中就取消这个设计换成了平滑的整体式的倾斜装甲结构。
配合披挂爆炸反应装甲，让其前部的整体防护能力超过1000mm均质钢装甲的防御水平，这个实力与目前国际上的主要主战坦克例如美国M1艾布拉姆斯正面防护水平相当，是中国第一款防护水平达到1000mm均质钢装甲以上的坦克。
在侧面装甲和后部防护方面，采用了垂直装甲设计，履带使用侧裙板防护，从一战二战的实战经验来看，坦克的炮塔首上和车体正面是最重要的防御区域，也是被弹率最高的区域（第554期武器大讲堂）。
所以侧面的装甲防护相对来说就弱了一点，这也是99A坦克的一个防御弱点，不过目前世界上的所有主战坦克几乎都有这个问题，主要是看谁的防护水平做的好，目前来看99A侧后方防御是弱于北约的一些坦克的，但是整体来说整车的防御比起德国豹2坦克要出色一些。
