第二种说法：流亡国外。相传朱棣围城时，不甘受辱的建文帝决定以自刎的方式来结束自己的生命。正在这时，他的贴身老太监对建文帝说太祖皇帝临终前曾经交给他一个密匣，并叮嘱他如果遇到危难，打开匣子可保平安。建文帝忙令老太监取来密匣，打开一看，顿时惊呆了，但见里面装有三套袈裟，三张证明身份文书，一封密信和一把剃刀。三张文书上分别写着应贤、应能、应文三个名字。应文指的是建文帝朱允炆，应贤、应能分别是指建文帝的心腹近臣杨应能、叶希贤。密信里给建文帝指了一条通往城外的光明大道——地道。
就这样，建文帝按照密匣的指示剃发伴成了和尚，然后从皇宫的地道悄悄地逃出了城去。侥幸逃得性命的朱允炆从隐身于偏僻的寺庙，隐姓埋名，正式出家当了和尚，最终孤老山林。
第三种说法：流亡海外。
建文帝侥幸从南京城逃出后，在亲信的护卫下逃到了到泉州，之后流落到东南亚一带了。朱棣后来听到风声后，害怕朱允炆日后会东山再起，威胁自己，因此不惜耗费国力几次派郑和下西洋就是为了寻找建文帝朱允炆的下落。
千百年来，关于建文帝的下落后人一直争论不休。然而，到了2008年时，福建省宁德金贝小村发现了一座古墓引起了轩然大波。
当地民众都称这座墓就是建文帝的墓。理由是这座古墓外形极为精致豪华，古墓上还有火龙珠的雕刻，从外形来看，几乎处处彰显皇家气派。再加上当地一古寺曾传闻建文帝隐居寺中当和尚的消息，当地民众都认为这就是建文帝的墓。
为了弄清事实真相，福建省考古专家到德金贝小村古墓进行了现场勘查。结果却很失望，因为他们看到的古墓属于典型的“三无”：古墓没有建造的年代，没有墓碑，墓里没有任何文物。原因很简单：古墓已被盗多次。
通过一周的实地考察，考古专家最终得出的结论是：宁德上金贝古墓的墓主人并不是建文帝朱允炆，而是沧海珠禅师。理由是：古墓处处显示“佛教”的信息和信仰，而沧海珠禅师曾是当地有名的高僧，手下拥有弟子数千。他死后，弟子们给进行厚葬也就不足为奇了。
总之，建文帝的下落依然是个谜团，有待破解。
