清初时期，八旗旗主上马治军，下马治国，议政王大臣会议为这些旗主王爷们提供了权力的温床。顺治帝临终前鉴于睿亲王多尔衮主政时期的弊端，遗命索尼等四人为辅政大臣，将宗室王公排除在权力核心之外。
康熙初年，八旗旗主地位虽尊，但远离朝政，逐渐被边缘化。康熙亲政后，又对八旗制度加以改革，对下五旗采取化整为零，各个击破的原则。康熙中期，随着各皇子逐渐成年，康熙将这些年长皇子分封到下五旗。
八旗各旗的基本组成单位是“牛录”，努尔哈赤时期，每个牛录的人数是300人，五个牛录组成一个甲喇，五个甲喇组成一个固山（即旗的意思）。这样算起来，一个旗的共有25个牛录。这是个大概的数字，随着八旗人丁繁衍，牛录的数量也在不断扩大。
康熙将下五旗各旗的牛录拿出来分封给了年长皇子，打个比方，比如将正蓝旗的10个牛录分给皇三子，或是将镶红旗的8个牛录分给皇四子等等。而且随着年长皇子的不断增多，一个旗中往往会分给几个皇子。康熙将皇子分封到下五旗，无形当中就削弱了原有各旗旗主的实力。
这样一来下五旗各旗中就形成了几个旗主共存的局面，久而久之，旗主王爷也就成了个摆设，旗主的这个称呼也很快淡出了人们的视线。
为了更好的限制旗主的权力，康熙帝还完善了八旗的管理制度。关外时期旗主是各旗的最高统领，管理所有旗务。但康熙以后，形成了以都统管理实际事务，旗主只是个名义头衔而已。
我们在清代史料中，经常能见到比如镶蓝旗满洲都统、正红旗蒙古都统等。这些都统实际上才是各旗的最高行政长官。旗主和皇子虽是名义上的主子，但不能具体参与旗务。而都统管理实际事务，却没有旗主这个名义，达到了了相互制约牵制的作用。
雍正、乾隆两朝，又对下五旗进一步采取措施，限制旗主和都统的权力，设置了更多的官员管理旗务。
从以上的介绍可以看出，到了乾隆以后，所谓的八旗旗主不过是个伪命题，实际上八旗中已经很少出现旗主的这一叫法。只不过，由于八旗固有传统的影响，很多旗人还有旗主的概念，见到曾经的旗主及其他们的家庭成员，往往也会视为“主子”，不过这个主子的影响力实在是可怜得很。
