太平天国是中国历史上规模最大的农民起义，距今不到二百年。不过，因为满清销毁了大量的史料，使得太平天国的许多人和事都说不清楚，至今存在很大争议，成为悬而未解的谜团。
一、洪宣娇是谁？按照一些书上的说法，洪宣娇是洪秀全的妹妹，萧朝贵的老婆，也是太平天国杰出的女将，电视剧里也是这么演的。但洪秀全到底有没有这么个妹妹，存在争议。有的人认为洪宣娇姓杨，是杨秀清的妹妹；也有的说她姓黄；更有人说，历史上可能根本没有这个人。
二、洪大全之谜。在永安突围过程中，一个倒霉鬼被清军俘虏，自称是天德王洪大全，是洪秀全的哥哥。钦差大臣赛尚阿屡战屡败，为了向清廷交差，将洪大全押解到北京，凌迟处死。但后来，洪大全妻子许月桂等人起义，被俘后供称，洪大全原名焦亮，是自己丈夫，也是天地会的一个头领。这到底是真是假，不得而知。
三、杨秀清逼封万岁之谜。天京事变，韦昌辉在洪秀全的指使下，*了东王杨秀清全家。当前，人们普遍认为事变的原因是杨秀清逼洪秀全封自己和儿子为万岁。但也有不少人不相信这种说法，原因是杨秀清早已是一人之下，万上之上，没有理由这么做。杨秀清也没这么愚蠢。
