东晋开国君主司马睿画像
但问题是，由于司马睿并没有太大的势力，所以在东晋帝国建立后司马睿许诺与王氏共治天下，一时间形成了"王与马，共天下"的奇特政治景象。这种情况在古代封建王朝中非常少见，更为罕见的是司马睿竟然是自愿与王氏共分天下，这就为后俩的权力失衡埋下了重要的伏笔。《东晋'王与马共天下'的独特政治格局解读》一文中也曾经提到：
"'王与马共天下'，不是指裂土分封关系，而是指在权力分配和尊卑名分上与一般君臣不同的关系。王与马的这种名器相予、御床与共的关系，发生在东晋创业、元帝壮年继嗣之时，不是末世权宠礼遇非凡。也不是阿衡（伊尹）幼主僭越名分一类不正常的情况。"
琅琊王氏的功绩是值得肯定的，毕竟在王氏的辅佐下，东晋帝国才能渡过脆弱的幼稚期。但是随着时间的推移，王氏在东晋内部的势力愈发强大，某种程度上来说已经凌驾于皇帝之上。王氏兄弟二人将东晋的内政和军事牢牢掌握在手中，成为东晋帝国的实际控制者。而司马睿则更像是一面旗帜，证明这个封建帝国还有一个名正言顺的皇帝坐在龙椅之上。
东晋初期权臣王导画像
在笔者看来，东晋灭亡的原因之一便是朝廷的控制权一直被四大家族所垄断。这四大家族的目的都很明确，那就是彻底控制朝廷和皇帝。由于科举制在当时并没有出现，朝廷想要征辟官员就必须依赖这些世家大族对朝廷进行举荐，这也就导致东晋行政系统中出现了严重的结党营私现象。在东晋初期，朝廷内外的官员有七成以上都是王氏家族的门生故吏，足可见当时王氏的势力膨胀到了何等地步。
但是这一局面仅仅维持了不长时间就被打破，起因便是王敦之乱。王敦之乱发生后，陈郡谢氏、颍川庾氏、龙亢桓氏三大家族快速崛起，逐渐接触到晋廷的核心，东晋便形成了被四大家族把持的局面。这四大家族并无心北伐，不断进行着权力斗争，使东晋陷入了严重的内耗当中，如此东晋又怎能不亡国？
东晋初期权臣王敦画像
帝国内部矛盾激化，爆发了孙恩起义公元383年，前秦君主苻坚举全国之力南征东晋，本想在淝水之战中一战定乾坤，但却因种种原因将这场"必胜"的战争硬生生输掉了。淝水之战的胜利无疑使东晋从濒危亡国的关头又重新走了回来，但却并没有因此淝水之战的胜利而使国祚得以绵延。
淝水之战结束后，东晋尚且没有从战争的后遗症中走出来，内部就发生了大规模农民起义，也就是孙恩、卢循起义。
前秦君主苻坚雕像
公元398年，东晋宗室成员司马元显为了补充军中残缺不全的兵员建制，于是征发了大量的官奴婢。五斗米教借此机会掀起了反晋旗帜，一时间得到了帝国各地的普遍响应，起义的浪潮很快就席卷了帝国全境。司马元显这一政策不但损害了地主阶级的利益，还引起了官奴婢的普遍不满，这才会导致此次起义运动规模如此之大。
晋廷得知起义消息后连忙派遣北府兵奔赴各地镇压，但却并没有起到很好的效果，而帝国内部却日益混乱起来。桓玄借助这一混乱的局面，加上晋廷无暇关注他，于是突然起兵发难攻向东晋京都建康。此时晋廷所掌控的最具战斗力的北府兵主力依然在各地平叛，并没有执行卫戍京都的任务，所以建康城就这样轻轻松松被桓玄所攻破，而桓玄也自然成为东晋的实际控制者。《晋书·桓玄传》中曾经记载：
"玄至新亭，元显自溃。玄入京师，矫诏曰："义旗云集，罪在元显。太傅已别有教，其解严息甲，以副义心。"又矫诏加己总百揆，侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人，置左右长史、司马、从事中郎四人，甲杖二百人上殿。"
