开创了桓楚政权的桓玄
第二年，不满足于此的桓玄选择篡晋自立，在东晋的版图上建立起了桓楚政权。但桓玄仅仅维持了不到一年的统治就被刘裕所诛*，司马氏又重新回到了皇位之上。
孙恩起义对东晋产生的负面影响要远远大于桓玄篡位。在起义发生后，孙恩利用百姓对于东晋朝廷的憎恨，放纵部下对已经被征服的地区百姓进行了惨无人道的烧*劫掠，就连刚刚出生的婴儿也不放过，真可谓是令人发指。在面对北府军的攻势时，孙恩自知不敌，选择退守海岛。在临行之前，更是掠走了二十余万百姓。而当孙恩兵败身死之时，这些百姓仅仅剩下了千余人。
这次起义运动使东晋本就为数不多的人口数量再次衰减，经济发展的趋势也因此受到了一定的阻碍。同时，凡是起义军所经过的地区，都遭到了严重的破坏。不仅无数家庭因为孙恩的残暴而破裂，许多地区的基础经济也被破坏殆尽，给本就脆弱的东晋帝国带来了沉重的打击。
起义领导者孙恩
刘裕崛起，篡晋自立刘裕本为西汉皇室后裔，是刘交（刘邦之弟）的后代。在西晋帝国崩溃后，刘裕和家族成员一同南下，在东晋境内安家落户。
在孙恩起义爆发后，刘裕被派遣前往侦查起义军的动向，却不料和起义军发生了遭遇战。当时刘裕手下仅有数十人，而面对的起义军则有数千人之多。在这种情况下，刘裕依然选择迎敌作战，并支撑到了援军的赶来，最终几乎全歼这支起义军。战后，刘裕的地位得到了空前提升，也被晋廷所重视了起来。在随后的时日里，刘裕每战几乎必胜，成为北府军将领刘牢的得力干将。
宋武帝刘裕画像
在桓玄篡晋自立后，刘裕收集起北府军旧部并打出恢复晋室的旗号向桓楚政权正式宣战。桓玄不敌，连战连败，最终落得了兵败身死的下场。而刘裕则因战功卓著被晋廷提拔为持节镇军将军，都督八州诸军事。此时的刘裕已经成为晋廷的肱骨之臣，实力已经可以轻松颠覆晋廷的统治了。
公元418年，刘裕被晋帝拜为相国，并受封为宋公。但刘裕仍不满足，在暗*了司马德宗后扶持了司马德文这一傀儡皇帝，并获得了天子礼遇。公元420年，刘裕决定更进一步，取代晋帝自立为帝，以国号为宋，史称刘宋。自此，东晋终于走到了她生命的尽头。《太平御览·皇王部·东晋安皇帝》中曾有相关记载：
"二年夏六月壬戌，刘裕至于京师。傅亮承裕密旨，讽帝禅位，草诏，请帝书之。帝欣然谓左右曰：'桓玄之时，天命已去，为刘公所延二十载矣，今复何恨。'乃书赤纸为诏。甲子，遂逊于琅耶第。刘裕以帝为零陵王，居于秣陵，行晋正朔，车旗服色一如其旧，有其文而不备其礼。宋永初二年九月崩于内房，时年三十六。谥恭皇帝，葬冲平陵。"
刘宋疆域图
在笔者看来，刘裕之所以能够篡晋自立，这与晋帝有着密不可分的关系。虽然刘裕在平定孙恩起义和桓玄之乱中立下了卓越战功，但晋帝竟然没有采取任何制约刘裕坐大的手段来降低他对东晋的威胁。反而赐予他更多的兵权，到了后期甚至让他把持几乎全国的兵权。一旦刘裕心生二心，晋廷只能束手就擒，毫无抵御之策。所以这也是东晋灭亡的一个重要原因。
