所以到16世纪后，明朝不得不采用募兵制来弥补军制的缺陷。
募兵所招募的是民户，因为有着招募上对年龄、身体状况的严格限制，故而募兵几乎全为精壮战兵。但是募兵不会从事屯田，要招募战士就需要钱粮，而且募兵的薪资待遇远高于卫所兵，故而到此时明朝的军费开支就相当惊人了。
而就九边重镇来说，卫所军衰败的速度要慢于内地，但到了16世纪时，其也已经不堪作战，不得不以募兵来补充军额和战力。
明朝嘉靖末年到万历初年，对九边防御体系进行了一次大规模整顿，其兵员实力一度焕然一新。
据万历时期的《明会典》所载，此时九边的军力数为：
辽东镇，94693人；蓟州镇，114854人；宣府镇，151452人；大同镇，135778人；山西镇，25287人；延绥镇，80196人；宁夏镇，71693人；固原镇，126919人；甘肃镇91571人。
以上合计为达80余万人，不过这也是理论数字，当时实际在九边布防的兵员不到60万人。
当然，即使是这个实力数，也比嘉靖之前一度只有不到30万人的兵力强了很多了。
因此，万历朝明军的军事力量一度很强。但因为众多军队所需的财政开支极为庞大，万历年间明军又相继进行了三次大规模征伐，消耗了巨大的财力和军力，故而到万历后期财政开支已经难以为继，军力也就此衰落了下去。
到崇祯时期，九边的防御重点在辽东和蓟州镇，此时九边原守军加上援军，理论上有66万余人，但实际上的兵力却不到50万人，而且这50万人中可战之兵不及半数。
由于军饷大都集中在辽东方向，北边其余守军困苦不堪，大多在李自成攻北京时就倒戈了，当大顺军兵临北京城下时，其中很多兵员其实就是前明军。当然这些明军中有很多在李自成败走北京后，跟吴三桂一样又投靠了清朝。
后来清军南下部队中，为之做前导的也是这些前明的边军。这就出现了一种很讽刺的现象：前明军大战南明军，而南明军中很多却又是前明军追剿多次的前农民军。
三：军事作用
关于明代九边防御体系的军事作用，一直以来有两种截然不同的观点。
其中一种观点是持肯定态度，另外一种则是否定态度。
前者认为，明朝九边防御体系在很大程度上拦阻了蒙古骑兵的南下，为明朝内地的稳定提供了屏障；后一种观点则认为，在实战中九边防御体系多次被突破，如明英宗时期和之后的明世宗、明思宗时期，敌军均成功抵达了北京城下，认为九边并不能起到有效的防御作用，反倒还消耗了大量的国家资源。
笔者认为九边防御体系是不是有成效，还是应该分阶段来看。
在明朝初期，北边军事体系初步确立，其实这套体系最初不单单是防御之用，因为在洪武和永乐时期，一直是攻势作战。
在明军攻占元大都后，洪武时期曾8次大规模北伐，明成祖继位后，除了丘福那一次失败的北伐外，自己也曾亲率部队5次大规模讨伐漠北。
在50余年时间中，先后14次北征的频率是极高的，明军平均三四年就要进行一次大规模征伐，至于沿边的小规模战争几乎每年都在进行。
因此明朝北部边军在这一时期不是在出征就是在准备出征，大军一直就布防在北部边境。与其说当时的边地是防御体系，倒不如说是大军的前进基地。
大量军队集结在北方，而且沿要点布防，使得不出塞时蒙古军队无法南下*扰，而出塞作战蒙古军又无法打赢。
因此当时蒙古军在遇到明军主力时基本都是采取避战姿态的，这也使得当时明军对蒙古军有足够的心理优势。
明成祖定都北京后，除了沿边数十万边军外，在北京城周边还有几十万人的京军。
在当时的战略规划中，边军只要平时保证要地不失，大战时配合京军作战即可。不过明成祖死后，明仁宗继位只有几个月便死去了，而明宣宗在位也只有10年，新继位的明英宗只有8岁，还不能亲政。
在短短十余年中，明朝皇帝从第三任换到了第六任，由于明成祖时的军威使得明朝上下心理优势仍在，故而忽略了北方蒙古势力的整合，精力放到放在了南方作战中。
1449年，明军与蒙古瓦剌部队交战，此时在*中明军已经不是对手了。但明军当时的京军仍在，认真筹划之后以主力兵团对战，未必会一败涂地。
不过明英宗贸然亲征，土木堡一战葬送了京军的精锐主力。此后，明京军尽管重建，但大规模出塞作战行动却戛然而止，到这时候北边防御才真正成为了单纯防御的体系。
尽管当时边地卫所也开始破败，但卫所军本身是携家带口屯驻在边境一线的，对他们来说，卫国的同时也在保家。因此蒙古军入侵边境卫所，当地军队是会奋力抵抗的，同时为了保证边境不被突破，明朝政府也会募集精锐补充边军。
因此在土木堡之后的近100年时间中，九边防御体系还是发挥作用的，起码没有出现大的崩溃。
但这是建立在蒙古未能有效整合前提上的。如果蒙古势力重新整合，形成10万人以上的大规模军团，而且合力南下的话，九边防御体系即不堪重击。
