殷墟妇好墓出土的玉鱼，中国国家博物馆藏
那么，鲧又是如何治水的呢？
《天问》中没有明说，大约并没有很见效，因此鲧在羽山接受惩罚。《天问》很奇怪地问，鲧也是有功劳的，“帝何刑焉”，为什么要惩罚他？因为图腾时代是一个“前科学时代”，对洪水这种危害性极大、远远超过先民应对能力而难以解决的自然现象，其处理方式很可能（也只能）是——
动用巫术。
这就是为什么鸱龟都听从于鲧，而鲧失败之后却在羽山受罚的原因。因为在历史事件中的鲧大约是鱼图腾部落的一位首领，也是一位巫师。他的解决方式很可能是举行了一场盛大的祭祀活动，而这次祭祀无疑失败了。愤怒的鸟图腾部族就把这位“失去天恩”的巫师带走到自己的部落中进行惩罚。
我们很可以怀疑，鲧成为原始巫术仪式中的人牺，这就是汤夺先、张莉曼所说的“鲧作为神明的献祭被当作牺牲品献给了天帝以平息其怒气”（《“大禹治水”文化内涵的人类学解析》，《中南民族大学学报(人文社会科学版)》，2011年第3期）。纪晓建根据“若国大旱，则帅巫而舞雩”认为，在上古时代，遇到重大灾难时，巫师不得不“挺身而出或因卜筮所需而做了人牺”（纪晓建：《山海经》对《楚辞·天问》神话材料之补正，内蒙古大学学报(哲学社会科学版)，2011年第3期）。所谓“天大旱，五年不收，汤乃以身祷於桑林”（《吕氏春秋》），即是作为巫师的商汤自*祭神，以求神明缓解旱情。《左传·僖公二十一年》：“夏，大旱，公欲焚巫尫。”陈梦家指出：“暴巫尫或赤女宰，皆谓将身体暴露于烈日之下，以希上苍哀愍，沛然降甘霖。卜辞‘赤'字像人立于火上，大汗淋漓，实乃暴巫之象。”（陈梦家：《商代的神话与巫术》，《燕京学报》，1936年第20期）可见巫师以自身为人牺，恐怕是上古时代的常见现象。
鲧很可能作为献祭死于这次惩罚，人们希望以此恢复上天对人的宠爱。失去了鲧的鱼图腾部族又重新选出了一位首领，那么，“伯禹愎鲧”也就可以理解了——因为禹这位新选出来的鱼（或者龟）部落的首领，他通过某种仪式使部族相信他继承了上一代巫师鲧的神之后裔身份，因此称之为鲧之子。
在当时的生产力条件下，让禹带领一群人“开九州，通九道，陂九泽，度九山”，似乎过于夸张。对于禹的治水方式，除了已经成为主流的“大禹疏洪泄导”说以外，还有一些不同的、非常有价值的观点：
第一种，禹的功绩在于农田水利
孔子在《论语·泰伯篇》中说：“禹，吾无间然矣。菲饮食而致孝乎鬼神，恶衣服而致美乎黼冕。卑宫室而尽力乎沟洫。禹，吾无间然矣。”
先师孔子行教像
禹“致孝乎鬼神”，“致美乎黼冕”，说明孔子认为禹之德有大部分在于敬神，这印证了前文中将禹作为巫师看待的观点。孔子又说，禹尽力乎沟洫，即致力兴修水利——何谓沟？《说文解字》称“广四尺，深四尺”者，何谓洫？《说文解字》称“广八尺，深八尺”者。河南安阳出土有商代骨尺，长度在15.78—16.95厘米之间，则沟的宽度不到0.7米，洫的宽度在1.3米左右。靠这样的沟洫来进行农业耕作完全足够，去疏通江河大约不行。
又按《尚书·舜典》，舜命禹为司空、平水土，指的是让禹组织修整田间水利设施，疏通沟渠。当时只有骨制、木制、石制的耒耜，要开挖这些排水沟渠已经很不容易，因此被视作禹的一大功绩。基于此，徐海亮、轩辕彦认为，“传说中的大禹治水也即龙山晚期豫东和鲁西南治水，相当程度上是疏理被黄河泥沙淤塞的原有水系，排除湖沼地带壅堵的积水，排干与开发一些沼泽，即对‘洪荒’条件下的自然水系环境进行人工的分野。”（《龙山时期黄河下游灾害——大禹治水文化的自然背景》，《中原文化研究》，2017年第1期）刘宗迪则说，“大禹治水神话，雄矣壮哉，然而究其根本，却毫无神奇之处，它不过是原始的农田水利工程之写照。”（刘宗迪：《禹步·商羊舞·焚巫尪──兼论大禹治水神话的文化原形》，《民族艺术》，1997年第4期）
