①苦味瓜与品种有关。平时我们所种植的瓜果作物，很多都是由野生瓜果经人类长期驯化而培育成的，而野生瓜果一般在生长过程中都会分泌较多的苦味素物质（通过分泌有毒性的苦味素来减少害虫的侵害），如果我们种植时使用了原本就属于那种苦味遗传基因呈显性和苦味素分泌量大的品种，那么这些瓜类作物在生长过程中就在株体及果实中合成积累下比较多的苦味物质（有时候是基因突变所致），这样的苦味基因遗传性强的瓜吃起来也就更容易带苦味。
②苦味瓜与种子有关。除了瓜的品种遗传特性原因以外，如果我们使用的瓜种质量不好，比如说使用含苦味素比较多的瓜种子，或者使用品种已经明显退化的瓜种子，或者使用连续种植多年的自留瓜种子，或者使用了耐低温性、耐弱光性都比较差的瓜种子，或者使用花期串粉结瓜的瓜种子，那么我们种出来的瓜就很有可能因为种子特性严重退化或者因为瓜种发生基因突变返祖而造成瓜的果实中合成积累下大量的苦味物质，从而导致地里种出来的瓜吃起来发苦。
举几个比较简单的例子：比如说一般带苦味瓜留种后再种出来的瓜依然还发苦，一般使用连种多年发生品种退化的自留瓜种比新购买的瓜种更容易带苦味，再比如说一般叶片深绿的黄瓜比叶片颜色浅绿的黄瓜瓜苦味大，瓜面带棱的丝瓜比瓜面平滑的丝瓜更容易发苦，再比如说一般黄瓜、丝瓜等花期授粉时粘上丝瓜花粉串粉结瓜后容易发苦（如昆虫沾染苦瓜花粉后再到黄瓜丝瓜上进行了串粉授粉）。
③与花期交叉授粉有关。瓜类作物花期一般都是由昆虫帮助完成授粉的，在种植瓜类作物时，如果甜瓜、丝瓜、黄瓜等瓜田里混种、套种或者瓜地周边种植了苦味素含量比较大的苦瓜等作物，那么这些在这些瓜就有可能在花期授粉时因为蜜蜂等授粉昆虫沾染苦瓜花粉交叉授粉而形成大量的苦味瓜，而且这些被苦味瓜粉授粉结的瓜再种出来的瓜依然还会发苦（基因遗传所致）。
防治解决办法：解决这个问题的方法也比较简单，大家在种植各类瓜果蔬菜时，应当严格把握好品种关和种子关，一方面在尽量不要使用连续种植多年发生品种退化的陈年老种，尽量不要使用自留种子；另一方面尽量购买苦味率较低的新种（大部分瓜果蔬菜种子都是杂交种），而且购买种子时一定要问一问瓜品种的糖分含量是高还是低、苦味性大不大；再一方面避免栽种叶色太过深绿（如黄瓜）、瓜面棱角分明（如丝瓜、苦瓜）、成熟期较晚且耐弱光性（大棚）、耐热性（夏种）耐寒性（冬春）的品种，尽量选择叶色浅绿、瓜面平整、成熟期较早且耐低温、耐弱光、耐热性较好的品种。
除此之外，如果需要自留种，在瓜成熟时建议先尝一尝下部瓜和弱枝弱蔓所结瓜（最容易发苦）的瓜蒂部位带不带苦味，对于地里零星出现的苦味瓜应当及时整棵带瓜拔掉（以防苦味瓜的花粉花期串粉传授到其他正常瓜株上）。同时，在种植甜瓜、丝瓜、黄瓜等瓜了类作物时，要避免在瓜地里混种、套种或在瓜地周边种植苦味素含量比较大的苦瓜等作物，避免花期交叉授粉或串粉结出苦味瓜。
