QTL热点的鉴定表明了幼苗根系性状与其他几个性状的遗传关联，并揭示了对标记辅助选择有价值的玉米染色体区域，以同时改善根系和其他农艺性状。
根系在作物生长和胁迫反应中起着重要作用，它锚定着芽，从土壤中吸收水分和养分，还是植物发育所需的植物激素的生物合成场所，根在植物对环境变化的响应中也起着关键作用，并影响重要的农艺性状，如耐旱或耐涝性，抗根倒伏性，以及次优生长条件下的养分利用效率。
在早期阶段，侧根在大约10 dag时开始出现在初生根和种子根上，并且冠根在萌发后大约2周开始出现，后期大约在发芽后3-4周开始，在第二节上形成轮生的冠根，也发育出支撑根，胚根系统对幼苗的活力至关重要并在植物的整个生命周期中发挥作用。
胚后侧根是吸收水分和矿物质的主要场所，而胚后冠根是植物抗倒伏的基础，因为成熟植物具有大而复杂的根系，所以玉米幼苗经常用于根系性状分析。
除了尺寸小之外，2周大的幼苗具有胚胎初生根和种子根以及早期的胚后侧根和冠根，即它们具有成熟植物中存在的所有根类型，除了支撑根。
不同玉米根系性状产生的遗传机制已成为近年来的研究热点，并在不同的连锁群体中发现了多个控制不同根系性状的QTL。
玉米根系性状可由单基因调节，如RTCS对于种子和芽生根发生, RTH1、RTH2、和RTH3对于根毛伸长，以及RUM1对于种子根和侧根的起始，一些根系特征是数量遗传的，受许多基因控制。
在不同的连锁群体中进行了玉米根系性状的数量性状位点(QTL)定位，如主根长度(PRL)、总根长度(TRL)、种子根数、侧根数(LRN)和幼苗根干重，并报道了多种根系性状。
